8xrz

Crystal structure of a novel PU plastic degradation enzyme with ligand from Thermaerobacter marianensis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xrz
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	Crystal structure of a novel PU plastic degradation enzyme with ligand from Thermaerobacter marianensis
关键词 keywords	PU degradation, ligand, catalysis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.69 Å
零角强度 I(0) i0	1323210000.00
分子量 molecular_weight	197700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	190330 Å³
包络体积 envelope_volume	334500 Å³
水化壳体积 shell_volume	68023 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.7 Å
壳层 Rg shell_rg	46.78 Å
包络 Rg envelope_rg	39.96 Å
形状 Rg shape_rg	40.67 Å
总 Rg total_rg	40.93 Å
总原子数 total_atoms	15045
残基数 n_residues	1980
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1323000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8899
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	155000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Carboxylic ester hydrolase
分子量 formula_weight	56375.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.-
突变 mutation	S215A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15514

MHHHHHHENLYFQGAGAGAGAGAMATARELHDVIVETRYGAVRGRSDGTVCVWKGVPFARPPVGPLRFRPPEPPEPWSGVRDATRFGPASVQPEDRLISNLTGGATLPQDEDCLYLNIWSPSPDGRRPVMVWIHGGAYLTGAGSIPWYDGTALAREGDVVVVTLNYRLGALGFLYLEDAFGPEFTGSGNLGILDQIAALRWVRENIAAFGGDPDRVTIFGEAAGAGSVGVLLAAPAARGLFHRAILQSGSGALGVRTAASAARVAARVLQHAGVEPGDREALRSLPARAWANAVAALGPGLPLGPVVDGTVLPEHPMAALARGAARDVAVLVGVNKDEYNLFALQDPAWLGDDEAALRQRVEAVVGPAAGRLIEFYRSRGEGSLGRRLLPLMSYAVFVRGMLATADAQARVGAPVWAYRFDFETPVLGGVLGACHALEIPFVFNTLDRAGADRFTGTAPERYAVAQAMHRAWIAFAREGNPQHDGLPEWPRYDLEERAVMVFAVEPRVERDPWRAEREVWAAAGVGA

来源 Source

来源生物 organism	Thermaerobacter marianensis (strain ATCC 700841 / DSM 12885 / JCM 10246 / 7p75a)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	644966
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-oxidanylbutyl ~{N}-[4-[(4-aminophenyl)methyl]phenyl]carbamate
分子量 formula_weight	314.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	469

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.566 Å
晶胞边长 b length_b	81.566 Å
晶胞边长 c length_c	667.529 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.110 Å
最低分辨率 resolution_low	48.520 Å
R 因子 r_factor	0.1926
R_work r_work	0.1909
R_free r_free	0.2251

fit	/app/data/saxs_computation/xr/8xrz/8xrz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xr/8xrz/8xrz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xr/8xrz/8xrz.dat

Crystal structure of a novel PU plastic degradation enzyme with ligand from Thermaerobacter marianensis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction