8xu4

The Crystal Structure of MAPK2 from Biortus.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xu4
沉积日期 deposition_date	2024-01-12
最后修订 last_revision	2024-01-24
结构标题 title	The Crystal Structure of MAPK2 from Biortus.
关键词 keywords	Kinase, Serine/threonine-protein kinase, DNA damage, ATP-binding, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.81 Å
零角强度 I(0) i0	2089170000.00
分子量 molecular_weight	389940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	491450 Å³
包络体积 envelope_volume	771190 Å³
水化壳体积 shell_volume	115300 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.3 Å
壳层 Rg shell_rg	60.06 Å
包络 Rg envelope_rg	52.84 Å
形状 Rg shape_rg	54.82 Å
总 Rg total_rg	54.92 Å
总原子数 total_atoms	27363
残基数 n_residues	3343
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.5 Å
Rg (实空间) rg_real	56.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2090000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6996
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.333
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.5430
最高正则化参数 α highest_alpha	133800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 0.920; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.535

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	MAP kinase-activated protein kinase 2
分子量 formula_weight	36715.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	S216G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	27444

HVKSGLQIKKNAIIDDYKVTSQVLGLGINGKVLQIFNKRTQEKFALKMLQDCPKARREVELHWRASQCPHIVRIVDVYENLYAGRKCLLIVMECLDGGELFSRIQDRGDQAFTEREASEIMKSIGEAIQYLHSINIAHRDVKPENLLYTSKRPNAILKLTDFGFAKETTGHNSLTTPCYTPYYVAPEVLGPEKYDKSCDMWSLGVIMYILLCGYPPFYSNHGLAISPGMKTRIRMGQYEFPNPEWSEVSEEVKMLIRNLLKTEPTQRMTITEFMNHPWIMQSTKVPQTPLHTSRVLKEDKERWEDVKEEMTSALATMR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	139.812 Å
晶胞边长 b length_b	179.015 Å
晶胞边长 c length_c	212.397 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	48.953 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2136
R_free r_free	0.2631

fit	/app/data/saxs_computation/xu/8xu4/8xu4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xu/8xu4/8xu4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xu/8xu4/8xu4.dat

The Crystal Structure of MAPK2 from Biortus.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction