8xuf

CDF1 Dof domain in palindromic-bound complex with DNA duplex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 75.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xuf
沉积日期 deposition_date	2024-01-12
结构标题 title	CDF1 Dof domain in palindromic-bound complex with DNA duplex
关键词 keywords	;PLANT-SPECIFIC TRANSCRIPTION FACTOR, GENE SUPRESSION, CIS-ELEMENT, ZINC FINGER, DNA BINDING PROTEIN, DNA-DNA BINDING PROTEIN complex ;; DNA/DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.35 Å
零角强度 I(0) i0	18222700.00
分子量 molecular_weight	23963.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26152 Å³
包络体积 envelope_volume	35594 Å³
水化壳体积 shell_volume	15500 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.52 Å
包络 Rg envelope_rg	20.37 Å
形状 Rg shape_rg	20.28 Å
总 Rg total_rg	21.05 Å
总原子数 total_atoms	1621
残基数 n_residues	142
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8162
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1518000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.650; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.661; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPCPAPTPAPAPAPGPTPAPTPAPCPTPTPTPAPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	6122.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1656

TTCATAAAGTATACTTTATG

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPCPAPTPAPAPAPGPTPAPTPAPCPTPTPTPAPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	6140.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AACATAAAGTATACTTTATG

Entity 3 polymer

描述 description	CDF1
分子量 formula_weight	7425.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPLGSPTKILPCPRCNSMETKFCYYNNYNVNQPRHFCKACQRYWTSGGTMRSVPIGAGRRKNKNN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.442 Å
晶胞边长 b length_b	79.442 Å
晶胞边长 c length_c	93.729 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.530 Å
R 因子 r_factor	0.2301
R_work r_work	0.2291
R_free r_free	0.2494

fit	/app/data/saxs_computation/xu/8xuf/8xuf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xu/8xuf/8xuf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xu/8xuf/8xuf.dat

CDF1 Dof domain in palindromic-bound complex with DNA duplex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)