8xvr

Crystal structure of inulosucrase from Lactobacillus reuteri 121 mutant R544W

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xvr
沉积日期 deposition_date	2024-01-15
结构标题 title	Crystal structure of inulosucrase from Lactobacillus reuteri 121 mutant R544W
关键词 keywords	Glycoside hydrolase 68 enzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.84 Å
零角强度 I(0) i0	851681000.00
分子量 molecular_weight	234110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	290260 Å³
包络体积 envelope_volume	364010 Å³
水化壳体积 shell_volume	74870 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.93 Å
包络 Rg envelope_rg	38.33 Å
形状 Rg shape_rg	38.84 Å
总 Rg total_rg	39.26 Å
总原子数 total_atoms	16495
残基数 n_residues	2083
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.3 Å
Rg (实空间) rg_real	39.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	851800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6581
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.110
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.434
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	392000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.926

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycoside hydrolase family 68 protein
分子量 formula_weight	65235.4 kDa
突变 mutation	R544W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17513

MDSKAAQENTNTAKNDDTQKAAPANESSEAKNEPAVNVNDSSAAKNDDQQSSKKNTTAKLNKDAENVVKKAGIDPNSLTDDQIKALNKMNFSKAAKSGTQMTYNDFQKIADTLIKQDGRYTVPFFKASEIKNMPAATTKDAQTNTIEPLDVWDSWPVQDVRTGQVANWNGYQLVIAMMGIPNQNDNHIYLLYNKYGDNELSHWKNVGPIFGYNSTAVSQEWSGSAVLNSDNSIQLFYTRVDTSDNNTNHQKIASATLYLTDNNGNVSLAQVANDHIVFEGDGYYYQTYDQWKATNKGADNIAMRDAHVIEDDNGDRYLVFEASTGLENYQGEDQIYNWLNYGGDDAFNIKSLFRILSNDDIKSRATWANAAIGILKLNKDEKNPKVAELYSPLISAPMVSDEIERPNVVKLGNKYYLFAATRLNWGSNDDAWMNANYAVGDNVAMVGYVADSLTGSYKPLNDSGVVLTASVPANWRTATYSYYAVPVAGKDDQVLVTSYMTNRNGVAGKGMDSTWAPSFLLQINPDNTTTVLAKMTNQGDWIWDDSSENLDMIGDLDSAALPGERDKPVDWDLIGYGLKPHDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Limosilactobacillus reuteri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1598
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	995

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.570 Å
晶胞边长 b length_b	132.080 Å
晶胞边长 c length_c	121.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	41.590 Å
R 因子 r_factor	0.1814
R_work r_work	0.1796
R_free r_free	0.2156

fit	/app/data/saxs_computation/xv/8xvr/8xvr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xv/8xvr/8xvr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xv/8xvr/8xvr.dat