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Crystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase in complex with oxalate and fructose 1,6-bisphosphate and ADP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xw7
沉积日期 deposition_date	2024-01-16
结构标题 title	Crystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase in complex with oxalate and fructose 1,6-bisphosphate and ADP
关键词 keywords	Pyruvate kinase, Streptococcus pneumoniae, Glycolysis, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.35 Å
零角强度 I(0) i0	204191000.00
分子量 molecular_weight	111320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138540 Å³
包络体积 envelope_volume	168900 Å³
水化壳体积 shell_volume	44900 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.67 Å
包络 Rg envelope_rg	30.53 Å
形状 Rg shape_rg	30.36 Å
总 Rg total_rg	31.04 Å
总原子数 total_atoms	7790
残基数 n_residues	1001
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	204200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9073
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.937

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Pyruvate kinase
分子量 formula_weight	56993.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8154

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNKRVKIVATLGPAVEIRGGKKFGEDGYWGEKLDVEASAKNIAKLIEAGANTFRFNFSHGDHQEQGERMATVKLAEKIAGKKVGFLLDTKGPEIRTELFEGEAKEYSYKTGEKIRVATKQGIKSTREVIALNVAGALDIYDDVEVGRQVLVDDGKLGLRVVAKDDATREFEVEVENDGIIAKQKGVNIPNTKIPFPALAERDNDDIRFGLEQGINFIAISFVRTAKDVNEVRAICEETGNGHVQLFAKIENQQGIDNLDEIIEAADGIMIARGDMGIEVPFEMVPVYQKMIIKKVNAAGKVVITATNMLETMTEKPRATRSEVSDVFNAVIDGTDATMLSGESANGKYPLESVTTMATIDKNAQALLNEYGRLDSDSFERNSKTEVMASAVKDATSSMDIKLVVTLTKTGHTARLISKYRPNADILALTFDELTERGLMLNWGVIPMLTDAPSSTDDMFEIAERKAVEAGLVESGDDIVIVAGVPVGEAVRTNTMRIRTVR

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae R6
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	171101
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	340.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	OXALATE ION
分子量 formula_weight	88.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	364

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.184 Å
晶胞边长 b length_b	255.539 Å
晶胞边长 c length_c	88.133 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	47.210 Å
R 因子 r_factor	0.1882
R_work r_work	0.1862
R_free r_free	0.2268

fit	/app/data/saxs_computation/xw/8xw7/8xw7.fit
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