8xx0

;Crystal structure of anti-IgE antibody HMK-12 Fab complexed with IgE F(ab')2 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xx0
沉积日期 deposition_date	2024-01-17
结构标题 title	;Crystal structure of anti-IgE antibody HMK-12 Fab complexed with IgE F(ab')2 ;
关键词 keywords	Allergy, allosteric, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.14 Å
零角强度 I(0) i0	177354000.00
分子量 molecular_weight	105760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131670 Å³
包络体积 envelope_volume	178200 Å³
水化壳体积 shell_volume	42732 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.73 Å
包络 Rg envelope_rg	35.56 Å
形状 Rg shape_rg	36.14 Å
总 Rg total_rg	36.46 Å
总原子数 total_atoms	7438
残基数 n_residues	957
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9075
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.681
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.951

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	anti-IgE antibody HMK-12 Fab light chain
分子量 formula_weight	23596.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	7558

DVQMNQSPSNLAASPGETVSINCKASKSISRYLAWYQQKPGKANKLLIFSGSTLQSGTPSRFSGSGSGTDFTLTIRNLEPEDFGLYFCQQHNEFPLTFGSGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

Entity 2 polymer

描述 description	anti-IgE antibody HMK-12 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24373.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

DVQLQESGPGFVTPSQSLSVTCSVTGYSLTASSYFWNWIRKFPGNKLEWMGYIGYDGSVYYNPSLKSRISITRDTSKRQFFLQLKTVTNDDTALYYCARHGYYSSRVMDAWGQGTSVTVSSAKTTAPSVYPLAPGSGDTTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSGLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRGPTI

Entity 3 polymer

描述 description	;SPE7 immunoglobulin E F(ab')2 heavy chain ;
分子量 formula_weight	36012.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EVQLQQPGAELVKPGASVKLSCKASGYTFTSYWMHWVKQRPGRGLEWIGRIDPNGGGTKYNEKFKSKATLTVDKPSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARMWYYGTYYFDYWGQGTTLTVSSASIRNPQLYPLKPCKGTASMTLGCLVKDYFPGPVTVTWYSDSLNMSTVNFPALGSELKVTTSQVTSWGKSAKNFTCHVTHPPSFNESRTILVRPVNITEPTLELLHSSCDPNAFHSTIQLYCFIYGHILNDVSVSWLMDDREITDTLAQTVLIKEEGKLASTCSKLNITEQQWMSESTFTCKVTSQGVDYLAHTRRCPDHE

Entity 4 polymer

描述 description	;SPE7 immunoglobulin E F(ab')2 light chain ;
分子量 formula_weight	22983.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QAVVTQESALTTSPGETVTLTCRSSTGAVTTSNYANWVQEKPDHLFTGLIGGTNNRAPGVPARFSGSLIGDKAALTITGAQTEDEAIYFCALWYSNHLVFGGGTKLTVLGQPKSSPSVTLFPPSSEELETNKATLVCTITDFYPGVVTVDWKVDGTPVTQGMETTQPSKQSNNKYMASSYLTLTAGAWERHNSYSCQVTHEGHTVEKSLSRADCS

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 7 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	282.050 Å
晶胞边长 b length_b	86.090 Å
晶胞边长 c length_c	56.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.600 Å
R 因子 r_factor	0.2279
R_work r_work	0.2253
R_free r_free	0.2671

fit	/app/data/saxs_computation/xx/8xx0/8xx0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xx/8xx0/8xx0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xx/8xx0/8xx0.dat

;Crystal structure of anti-IgE antibody HMK-12 Fab complexed with IgE F(ab')2 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)