8xxa

Rhodothermus marinus alpha-amylase RmGH13_47A CBM48-A-B-C domains in complex with branched pentasaccharide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xxa
沉积日期 deposition_date	2024-01-18
结构标题 title	Rhodothermus marinus alpha-amylase RmGH13_47A CBM48-A-B-C domains in complex with branched pentasaccharide
关键词 keywords	alpha-amylase, (beta/alpha)8 barrel, CARBOHYDRATE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.24 Å
零角强度 I(0) i0	84804500.00
分子量 molecular_weight	73717.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92397 Å³
包络体积 envelope_volume	104790 Å³
水化壳体积 shell_volume	33289 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.78 Å
包络 Rg envelope_rg	26.56 Å
形状 Rg shape_rg	26.25 Å
总 Rg total_rg	26.93 Å
总原子数 total_atoms	5216
残基数 n_residues	620
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8576
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.466
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.056
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.734; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.980

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	alpha-amylase
分子量 formula_weight	75351.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.1
突变 mutation	D563A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5928

GSGMKETAAAKFERQHMDSPDLGTDDDDKAMADIGIEDGINYDPNDPTRVTLSLYAPGKSFVYVIGDFTNWEVDPAYFMYRDAPRPDSVHWWITIEGLTPGQEYAFQYFIDGELRLADLFAHKVLDPWHDPFIPSSTYPNLKPYPTGKTEGIVAVLQPGAPQYQWQVTDFERPPAHELVIYELLIRDFVARHDYVTLIDTLDYLERLGVNAIELMPVAEFDGNISWGYNPAFHLALDKYYGPADDLKRFVDECHRRGIAVILDVVYNHATGNSPLVQLYGPTADNPFINIPARHPFNVFYDLNHEHPYIQYWLDRANRYWLEEFRVDGFRFALSKGFTQKYTDDDVGAWSAYDASRIRLLKRMADAIWAVDSTAYIILEHFADNQEEKELAAYGQDRGRAGMLLWHNLNRAFSQSVMGYLNDPNFSSDLTTIYYKNRGFPTPNLIAYMESHDEQWLMYRMRAYGARQGAYDVRSLPVALDRMKLAGAFFFTVPGPKMIWQFGELGYGYGERGEQCLEGTGDSCPSIAPGRIDPKPIRWDYRNDPLRMKLYRTWAELLRLRREHAVFRSPETQVRMRLQHGVPGRWISLTHPELSVVVVGNFGLEPLVVTPTFPQTGTWYDYFNGDSLVVDDPNTGIELLPGEFRLYTNRYVGQAE

来源 Source

来源生物 organism	Rhodothermus marinus JCM 9785
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1295135
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-[alpha-D-glucopyranose-(1-4)]alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	828.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	712

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.508 Å
晶胞边长 b length_b	61.051 Å
晶胞边长 c length_c	99.808 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	47.940 Å
R 因子 r_factor	0.1743
R_work r_work	0.1736
R_free r_free	0.1886

fit	/app/data/saxs_computation/xx/8xxa/8xxa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xx/8xxa/8xxa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xx/8xxa/8xxa.dat