SAXSdb — 8xyp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xyp
沉积日期 deposition_date	2024-01-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of SAH-bound Tetrahymena DNA methyltransferase complex MTA1c
关键词 keywords	DNA methyltransferase, DNA N6-methyladenine modification, chromatin regulation, gene regulation, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.64 Å
零角强度 I(0) i0	87227200.00
分子量 molecular_weight	75495.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95054 Å³
包络体积 envelope_volume	119070 Å³
水化壳体积 shell_volume	32809 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.77 Å
包络 Rg envelope_rg	31.96 Å
形状 Rg shape_rg	31.62 Å
总 Rg total_rg	32.15 Å
总原子数 total_atoms	5317
残基数 n_residues	643
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8579
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.464
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.889; Smooth: 0.802

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	MT-a70 family protein
分子量 formula_weight	43368.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5317

GPEFKLMSKAVNKKGLRPRKSDSILDHIKNKLDQEFLEDNENGEQSDEDYDQKSLNKAKKPYKKRQTQNGSELVISQQKTKAKASANNKKSAKNSQKLDEEEKIVEEEDLSPQKNGAVSEDDQQQEASTQEDDYLDRLPKSKKGLQGLLQDIEKRILHYKQLFFKEQNEIANGKRSMVPDNSIPICSDVTKLNFQALIDAQMRHAGKMFDVIMMDPPWQLSSSQPSRGVAIAYDSLSDEKIQNMPIQSLQQDGFIFVWAINAKYRVTIKMIENWGYKLVDEITWVKKTVNGKIAKGHGFYLQHAKESCLIGVKGDVDNGRFKKNIASDVIFSERRGQSQKPEEIYQYINQLCPNGNYLEIFARRNNLHDNWVSIGNEL

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Methyltransferase MT, putative
分子量 formula_weight	41270.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGRPMSQETLAACQSLDKFAHPKKVSPVQKSQIIEEPPLQKKIKPTEPGEDQLSLLLKWRSSYIPPQKPTNEDEYKKIICKDISSEKLEQHAGDVSALFINIKWKLSEGQSGKSIEDLKKLAISDKLINNGIIFIWSEKEILSQIVDVLEAKGFNYIENFMINQLSADKALEMQRKNQNQQSKEKKITDFFKRLTPQKNIWSDITPEQCIEQEKFPPNNYVQDIFVNSEYSFFRKSKKILLMLRKFNKDAQLELRHQRTSDIFFDIFEQNKPNDVSKKGMEFVYKMIETLLPKANYSEENKGAFKMMELYADDKSQPRKGWISVYEQEWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Myb-like DNA-binding domain protein
分子量 formula_weight	41937.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPGRPSLKKGKFQHNQSKSLWNYTLSPGWREEEVKILKSALQLFGIGKWKKIMESGCLPGKSIGQIYMQTQRLLGQQSLGDFMGLQIDLEAVFNQNMKKQDVLRKNNCIINTGDNPTKEERKRRIEQNRKIYGLSAKQIAEIKLPKVKKHAPQYMTLEDIENEKFTNLEILTHLYNLKAEIVRRLAEQGETIAQPSIIKSLNNLNHNLEQNQNSNSSTETKVTLEQSGKKKYKVLAIEETELQNGPIATNSQKKSINGKRKNNRKINSDSEGNEEDISLEDIDSQESEINSEEIVEDDEEDEQIEEPSKIKKRKKNPEQESEEDDIEEDQEEDELVVNEEEIFEDDDDDEDNQDSSEDDDDDED

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Transmembrane protein, putative
分子量 formula_weight	17043.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GPEFMKKNGKSQNQPLDFTQYAKNMRKDLSNQDICLEDGALNHSYFLTKKGQYWTPLNQKALQRGIELFGVGNWKEINYDEFSGKANIVELELRTCMILGINDITEYYGKKISEEEQEEIKKSNIAKGKKENKLKDNIYQKLQQMQ

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.54 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	372998

fit	/app/data/saxs_computation/xy/8xyp/8xyp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xy/8xyp/8xyp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xy/8xyp/8xyp.dat

Cryo-EM structure of SAH-bound Tetrahymena DNA methyltransferase complex MTA1c

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)