8xzm

Crystal structure of folE riboswitch with DHN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xzm
沉积日期 deposition_date	2024-01-21
结构标题 title	Crystal structure of folE riboswitch with DHN
关键词 keywords	riboswitch, DHN, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.28 Å
零角强度 I(0) i0	16272100.00
分子量 molecular_weight	17869.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16746 Å³
包络体积 envelope_volume	25117 Å³
水化壳体积 shell_volume	12104 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.83 Å
包络 Rg envelope_rg	20.49 Å
形状 Rg shape_rg	20.17 Å
总 Rg total_rg	20.79 Å
总原子数 total_atoms	1173
残基数 n_residues	52
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.643
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.170
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1162000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.582; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.484; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA (53-MER)
分子量 formula_weight	17174.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1207

GGGUGUGUACCGUUCAACUCGUCCCAGCUUCGACUGGGACUACGGGAGCGCCU

来源 Source

来源生物 organism	unidentified eubacterium clone A70
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	41312
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-TP(deltai)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-7,8-DIHYDRO-6-(1,2,3-TRIHYDROXYPROPYL)-4(1H)-PTERIDINONE
分子量 formula_weight	255.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SPERMINE
分子量 formula_weight	202.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.808 Å
晶胞边长 b length_b	57.085 Å
晶胞边长 c length_c	63.422 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	28.540 Å
R 因子 r_factor	0.2096
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/xz/8xzm/8xzm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xz/8xzm/8xzm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xz/8xzm/8xzm.dat

Crystal structure of folE riboswitch with DHN

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)