SAXSdb — 8y09

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y09
沉积日期 deposition_date	2024-01-22
结构标题 title	Crystal structure of LbCas12a in complex with crRNA and 15nt target DNA
关键词 keywords	CRISPR, Cas12a, crRNA, Complex, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.74 Å
零角强度 I(0) i0	1715760000.00
分子量 molecular_weight	324520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	396880 Å³
包络体积 envelope_volume	590010 Å³
水化壳体积 shell_volume	96060 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.3 Å
壳层 Rg shell_rg	54.12 Å
包络 Rg envelope_rg	50.83 Å
形状 Rg shape_rg	50.80 Å
总 Rg total_rg	50.65 Å
总原子数 total_atoms	22742
残基数 n_residues	2566
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.9 Å
Rg (实空间) rg_real	50.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7160e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3030e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1715000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8566
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.044
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	136400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.785

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	LbCas12a
分子量 formula_weight	143888.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	22752

MSKLEKFTNCYSLSKTLRFKAIPVGKTQENIDNKRLLVEDEKRAEDYKGVKKLLDRYYLSFINDVLHSIKLKNLNNYISLFRKKTRTEKENKELENLEINLRKEIAKAFKGNEGYKSLFKKDIIETILPEFLDDKDEIALVNSFNGFTTAFTGFFDNRENMFSEEAKSTSIAFRCINENLTRYISNMDIFEKVDAIFDKHEVQEIKEKILNSDYDVEDFFEGEFFNFVLTQEGIDVYNAIIGGFVTESGEKIKGLNEYINLYNQKTKQKLPKFKPLYKQVLSDRESLSFYGEGYTSDEEVLEVFRNTLNKNSEIFSSIKKLEKLFKNFDEYSSAGIFVKNGPAISTISKDIFGEWNVIRDKWNAEYDDIHLKKKAVVTEKYEDDRRKSFKKIGSFSLEQLQEYADADLSVVEKLKEIIIQKVDEIYKVYGSSEKLFDADFVLEKSLKKNDAVVAIMKDLLDSVKSFENYIKAFFGEGKETNRDESFYGDFVLAYDILLKVDHIYDAIRNYVTQKPYSKDKFKLYFQNPQFMGGWDKDKETDYRATILRYGSKYYLAIMDKKYAKCLQKIDKDDVNGNYEKINYKLLPGPNKMLPKVFFSKKWMAYYNPSEDIQKIYKNGTFKKGDMFNLNDCHKLIDFFKDSISRYPKWSNAYDFNFSETEKYKDIAGFYREVEEQGYKVSFESASKKEVDKLVEEGKLYMFQIYNKDFSDKSHGTPNLHTMYFKLLFDENNHGQIRLSGGAELFMRRASLKKEELVVHPANSPIANKNPDNPKKTTTLSYDVYKDKRFSEDQYELHIPIAINKCPKNIFKINTEVRVLLKHDDNPYVIGIDRGERNLLYIVVVDGKGNIVEQYSLNEIINNFNGIRIKTDYHSLLDKKEKERFEARQNWTSIENIKELKAGYISQVVHKICELVEKYDAVIALEDLNSGFKNSRVKVEKQVYQKFEKMLIDKLNYMVDKKSNPCATGGALKGYQITNKFESFKSMSTQNGFIFYIPAWLTSKIDPSTGFVNLLKTKYTSIADSKKFISSFDRIMYVPEEDLFEFALDYKNFSRTDADYIKKWKLYSYGNRIRIFRNPKKNNVFDWEEVCLTSAYKELFNKYGINYQQGDIRALLCEQSDKAFYSSFMALMSLMLQMRNSITGRTDVDFLISPVKNSDGIFYDSRNYEAQENAILPKNADANGAYNIARKVLWAIGQFKKAEDEKLDKVKIAISNKEWLEYAQTSVKH

来源 Source

来源生物 organism	Lachnospiraceae bacterium ND2006
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1410628
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (34-MER)
分子量 formula_weight	12804.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

AAUUUCUACUAAGUGUAGAUCGCAUCCAGUAAAGCGGCAC

来源 Source

来源生物 organism	Lachnospiraceae bacterium ND2006
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1410628
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPTPTPAPCPTPGPGPAPTPGPCPGPTPAPAPAPGPGPAPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7449.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

GCTTTACTGGATGCGTAAAGGACG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPTPCPCPTPTPTPAPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	3290.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

CGTCCTTTATT

Entity 5 non-polymer

描述 description	LITHIUM ION
分子量 formula_weight	6.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	122.149 Å
晶胞边长 b length_b	143.401 Å
晶胞边长 c length_c	203.528 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.870 Å
最低分辨率 resolution_low	49.280 Å
R 因子 r_factor	0.2074
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2670

fit	/app/data/saxs_computation/y0/8y09/8y09.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y0/8y09/8y09.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y0/8y09/8y09.dat

Crystal structure of LbCas12a in complex with crRNA and 15nt target DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)