SAXSdb — 8y0c

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y0c
沉积日期 deposition_date	2024-01-22
结构标题 title	Crystal structure of FnCas12a in complex with pre-crRNA and 18nt target DNA
关键词 keywords	CRISPR, Cas12a, crRNA, Complex, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.29 Å
零角强度 I(0) i0	516151000.00
分子量 molecular_weight	172220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	210140 Å³
包络体积 envelope_volume	293120 Å³
水化壳体积 shell_volume	64083 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.53 Å
包络 Rg envelope_rg	36.65 Å
形状 Rg shape_rg	37.31 Å
总 Rg total_rg	37.65 Å
总原子数 total_atoms	12055
残基数 n_residues	1339
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	516200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8854
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.336
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.937

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA (42-MER)
分子量 formula_weight	18588.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	12057

GGAAUUUCUACUGUUGUAGAUGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCGUCUAAGAACUUUAUC

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8249.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTTATTAAATGACTTCTCTAAAGGACT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPGPTPCPCPTPTPTPAPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	3299.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGTCCTTTACT

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas12a
分子量 formula_weight	152083.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.1,4.6.1.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSIYQEFVNKYSLSKTLRFELIPQGKTLENIKARGLILDDEKRAKDYKKAKQIIDKYHQFFIEEILSSVCISEDLLQNYSDVYFKLKKSDDDNLQKDFKSAKDTIKKQISEYIKDSEKFKNLFNQNLIDAKKGQESDLILWLKQSKDNGIELFKANSDITDIDEALEIIKSFKGWTTYFKGFHENRKNVYSSNDIPTSIIYRIVDDNLPKFLENKAKYESLKDKAPEAINYEQIKKDLAEELTFDIDYKTSEVNQRVFSLDEVFEIANFNNYLNQSGITKFNTIIGGKFVNGENTKRKGINEYINLYSQQINDKTLKKYKMSVLFKQILSDTESKSFVIDKLEDDSDVVTTMQSFYEQIAAFKTVEEKSIKETLSLLFDDLKAQKLDLSKIYFKNDKSLTDLSQQVFDDYSVIGTAVLEYITQQIAPKNLDNPSKKEQELIAKKTEKAKYLSLETIKLALEEFNKHRDIDKQCRFEEILANFAAIPMIFDEIAQNKDNLAQISIKYQNQGKKDLLQASAEDDVKAIKDLLDQTNNLLHKLKIFHISQSEDKANILDKDEHFYLVFEECYFELANIVPLYNKIRNYITQKPYSDEKFKLNFENSTLANGWDKNKEPDNTAILFIKDDKYYLGVMNKKNNKIFDDKAIKENKGEGYKKIVYKLLPGANKMLPKVFFSAKSIKFYNPSEDILRIRNHSTHTKNGSPQKGYEKFEFNIEDCRKFIDFYKQSISKHPEWKDFGFRFSDTQRYNSIDEFYREVENQGYKLTFENISESYIDSVVNQGKLYLFQIYNKDFSAYSKGRPNLHTLYWKALFDERNLQDVVYKLNGEAELFYRKQSIPKKITHPAKEAIANKNKDNPKKESVFEYDLIKDKRFTEDKFFFHCPITINFKSSGANKFNDEINLLLKEKANDVHILSIDRGERHLAYYTLVDGKGNIIKQDTFNIIGNDRMKTNYHDKLAAIEKDRDSARKDWKKINNIKEMKEGYLSQVVHEIAKLVIEYNAIVVFADLNFGFKRGRFKVEKQVYQKLEKMLIEKLNYLVFKDNEFDKTGGVLRAYQLTAPFETFKKMGKQTGIIYYVPAGFTSKICPVTGFVNQLYPKYESVSKSQEFFSKFDKICYNLDKGYFEFSFDYKNFGDKAAKGKWTIASFGSRLINFRNSDKNHNWDTREVYPTKELEKLLKDYSIEYGHGECIKAAICGESDKKFFAKLTSVLNTILQMRNSKTGTELDYLISPVADVNGNFFDSRQAPKNMPQDADANGAYHIGLKGLMLLGRIKNNQEGKKLNLVIKNEEYFEFVQNRNN

来源 Source

来源生物 organism	Francisella tularensis subsp. novicida U112
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	401614
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	124.283 Å
晶胞边长 b length_b	124.283 Å
晶胞边长 c length_c	268.523 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.450 Å
最低分辨率 resolution_low	47.220 Å
R 因子 r_factor	0.2193
R_work r_work	0.2159
R_free r_free	0.2853

fit	/app/data/saxs_computation/y0/8y0c/8y0c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y0/8y0c/8y0c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y0/8y0c/8y0c.dat

Crystal structure of FnCas12a in complex with pre-crRNA and 18nt target DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)