8y1j

;Structure of the pyridoxal 5'-phosphate-dependent (PLP) threonine deaminase ilvA1 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y1j
沉积日期 deposition_date	2024-01-24
最后修订 last_revision	2024-05-22
结构标题 title	;Structure of the pyridoxal 5'-phosphate-dependent (PLP) threonine deaminase ilvA1 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 ;
关键词 keywords	Threonine deaminase, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.87 Å
零角强度 I(0) i0	191572000.00
分子量 molecular_weight	110160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138090 Å³
包络体积 envelope_volume	166800 Å³
水化壳体积 shell_volume	45106 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.12 Å
包络 Rg envelope_rg	29.78 Å
形状 Rg shape_rg	29.87 Å
总 Rg total_rg	30.60 Å
总原子数 total_atoms	7775
残基数 n_residues	994
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	191600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9056
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.136
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	L-threonine dehydratase
分子量 formula_weight	55464.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.1.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8145

LEQYVKKILTSRVYDVAVETPLQPARQLSERLGNQVLLKREDLQPVFSFKIRGAYNKVAQLTEEEKARGVIAASAGNHAQGLALAAKRQGIRAVIVMPKTTPEIKVQAVRAHGAKAVLHGDAFPEALAHALKLVDEKGYTFVHPYDDPDTIAGQGTVAMEILRQQPGRLDAIFVPVGGGGLVAGIAAYVKYLRPEIKVIGVEPDESNCLQAAMAAGERVVLGQVGLFADGVAVAQIGQHTFDICKDHVDEVITVSTDEICAAIKDIYDDTRSITEPAGALAVAGIKKYVERERAEGQTLVAIDSGANVNFDRLRHVAERAELGERREAIIAVTIPERPGSFKAFCEAVGKRQITEFNYRYHSGSEAHIFVGVQTHPENDPREALVAYLREKGFPVLDLTDNELAKLHIRHMVGGHAVKVSDEMVFRFEFPERPGALFNFLTKLGGRWNISMFHYRNHGAADGRVVAGLQVPEDERHLIPQTLEAIGYPYWDETANPAYQLFL

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-KETOBUTYRIC ACID
分子量 formula_weight	102.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	370

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.062 Å
晶胞边长 b length_b	114.062 Å
晶胞边长 c length_c	191.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.730 Å
R 因子 r_factor	0.1735
R_work r_work	0.1726
R_free r_free	0.2017

fit	/app/data/saxs_computation/y1/8y1j/8y1j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y1/8y1j/8y1j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y1/8y1j/8y1j.dat

;Structure of the pyridoxal 5'-phosphate-dependent (PLP) threonine deaminase ilvA1 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction