8y1m

Xylanase R from Bacillus sp. TAR-1 complexed with xylobiose.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y1m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y1m
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8y1m
沉积日期 deposition_date2024-01-25
最后修订 last_revision2024-05-22
结构标题 titleXylanase R from Bacillus sp. TAR-1 complexed with xylobiose.
关键词 keywordsGH10, Thermostability, Xylanase, Xylobiose, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.81
零角强度 I(0) i0121582000.00
分子量 molecular_weight86507.0 kDa
排除体积 excluded_volume107330 ų
包络体积 envelope_volume127330 ų
水化壳体积 shell_volume34959 ų
包络直径 envelope_diameter106.6
壳层 Rg shell_rg37.16
包络 Rg envelope_rg31.20
形状 Rg shape_rg30.80
总 Rg total_rg31.36
总原子数 total_atoms6109
残基数 n_residues716
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.2
Rg (实空间) rg_real31.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real1.2160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal121600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6826
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.3
偏度 Skewness skewness0.425
峰度 Kurtosis kurtosis-0.469
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34400000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.169; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.905

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)