8y2z

MPXV mRNA cap N7 methyltransferase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y2z
沉积日期 deposition_date	2024-01-27
结构标题 title	MPXV mRNA cap N7 methyltransferase
关键词 keywords	Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.51 Å
零角强度 I(0) i0	68471700.00
分子量 molecular_weight	66589.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84252 Å³
包络体积 envelope_volume	102690 Å³
水化壳体积 shell_volume	32984 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.47 Å
包络 Rg envelope_rg	25.65 Å
形状 Rg shape_rg	25.49 Å
总 Rg total_rg	26.47 Å
总原子数 total_atoms	4692
残基数 n_residues	577
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9013
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	83.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.985

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	mRNA-capping enzyme catalytic subunit
分子量 formula_weight	34632.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.33,2.7.7.50,2.1.1.56
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4692

DKFRLNPEVSYFTNKRTRGPLGILSNYVKTLLISMYCSKTFLDDSNKRKVLAIDFGNGADLEKYFYGEIALLVATDPDADAIARGNERYNKLNSGIKTKYYKFDYIQETIRSDTFVSSVREVFYFGKFNIIDWQFAIHYSFHPRHYATVMNNLSELTASGGKVLITTMDGDKLSKLTDKKTFIIHKNLPSSENYMSVEKIADDRIVVYNPSTMSTPMTEYIIKKNDIVRVFNEYGFVLVDNVDFATIIERSKKFINGASTMEDRPSTRNFFELNRGAIKCEGLDVEDLLSYYVVYVFSKR

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 2 polymer

描述 description	mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124
分子量 formula_weight	33499.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDEIVKNIREGTHVLLPFYETLPELNLSLGKSPLPSLEYGANYFLQISRVNDLNRMPTDMLKLFTHDIMLPESDLDKVYEILKINSVKYYGRSTRADAVVADLSARNKLFKRERDAIKSNNHLTENNLYISDYKMLTFDVFRPLFDFVNEKYCIIKLPTLFGRGVIDTMRIYCSLFKNVRLLKCVSDSWLKDSAIMVASDVYKKNLDLFMSHVKSVTKSSSWKDVNTVQFSILNDPVDTEFINKFLEFSNRVYEALYYVHSLLYSSMTSDSKSIENKHQRRLVKLLL

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.550 Å
晶胞边长 b length_b	138.550 Å
晶胞边长 c length_c	178.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.940 Å
最低分辨率 resolution_low	45.120 Å
R 因子 r_factor	0.2753
R_work r_work	0.2731
R_free r_free	0.3157

fit	/app/data/saxs_computation/y2/8y2z/8y2z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y2/8y2z/8y2z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y2/8y2z/8y2z.dat

MPXV mRNA cap N7 methyltransferase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)