8y3i

Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 N153Q mutant in complex with human antibody C10 Fab at 37 deg C

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 179.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y3i
沉积日期 deposition_date	2024-01-29
最后修订 last_revision	2025-01-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 N153Q mutant in complex with human antibody C10 Fab at 37 deg C
关键词 keywords	dengue virus, human antibody, dengue-antibody structure, virus, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.07 Å
零角强度 I(0) i0	1016640000.00
分子量 molecular_weight	265770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	332970 Å³
包络体积 envelope_volume	467280 Å³
水化壳体积 shell_volume	78665 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.3 Å
壳层 Rg shell_rg	52.03 Å
包络 Rg envelope_rg	51.05 Å
形状 Rg shape_rg	52.07 Å
总 Rg total_rg	52.08 Å
总原子数 total_atoms	18654
残基数 n_residues	2419
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.4 Å
Rg (实空间) rg_real	52.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0450e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1016000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6147
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.571
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.120
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.490

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein
分子量 formula_weight	54300.6 kDa
突变 mutation	N153Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	18654

MRCIGISNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIKTEAKHPATLRKYCIEAKLTNTTTASRCPTQGEPSLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCGLFGKGGIVTCAMFTCKKNMEGKIVQPENLEYTIVITPHSGEENAVGQDTGKHGKEIKVTPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMENKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQMSSGNLLFTGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLSWFKKGSSIGQMFETTMRGAKRMAILGDTAWDFGSLGGVFTSIGKALHQVFGAIYGAAFSGVSWTMKILIGVVITWIGMNSRSTSLSVSLVLVGVVTLYLGVMVQA

来源 Source

来源生物 organism	dengue virus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Aedes albopictus

Entity 2 polymer

描述 description	Membrane protein
分子量 formula_weight	8384.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

SVALVPHVGMGLETRTETWMSSEGAWKHAQRIETWVLRHPGFTIMAAILAYTIGTTYFQRVLIFILLTAVAPSMT

来源 Source

来源生物 organism	dengue virus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Aedes albopictus

Entity 3 polymer

描述 description	Human antibody C10 Fab (heavy chain)
分子量 formula_weight	14487.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,K

EVQLVESGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYAMHWVRQAPGQRLEWMGWINAGNGNTKYSQKFQDRVTITRDTSASTAYMELSSLRSEDTAIYYCARDKVDDYGDYWFPTLWYFDYWGQGTLVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Human antibody C10 Fab (light chain)
分子量 formula_weight	11513.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,L

SQSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGFNYVSWFQQHPGKAPKLMLYDVTSRPSGVSSRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSHTSRGTWVFGGGTKLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	102447

fit	/app/data/saxs_computation/y3/8y3i/8y3i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y3/8y3i/8y3i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y3/8y3i/8y3i.dat

Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 N153Q mutant in complex with human antibody C10 Fab at 37 deg C

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)