8y3z

VcFadRqm, Genetically engineered mutants of Vibrio cholerae fadR, in Complex with DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y3z
沉积日期 deposition_date	2024-01-29
最后修订 last_revision	2025-02-05
结构标题 title	VcFadRqm, Genetically engineered mutants of Vibrio cholerae fadR, in Complex with DNA
关键词 keywords	Complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.86 Å
零角强度 I(0) i0	140201000.00
分子量 molecular_weight	81438.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96573 Å³
包络体积 envelope_volume	127010 Å³
水化壳体积 shell_volume	37161 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.72 Å
包络 Rg envelope_rg	28.84 Å
形状 Rg shape_rg	28.75 Å
总 Rg total_rg	29.74 Å
总原子数 total_atoms	5659
残基数 n_residues	604
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	140200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8897
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.297
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.288
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8138000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.795

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fatty acid metabolism regulator protein
分子量 formula_weight	32010.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5710

MVIKAKSPAGFAEKYIIESIWNGRFPPGSILPAERELSELIGVTRTTLREVLQRLARDGWLTIQHGKPTKVNQFMETSGLHILDTLMTLDAENATSIVEDLLAARTNISPIFMRYAFKLNKESAERIMINVIESCEALVNAPSWDAFIAASPAAEEIQQHVKEDSEKDELKRQEILIAKTFNFYDYMLFQRLAFHSGNQIYGFIFNGFKKLYDRVGSYYFSNPQARELAMEFYRQLLAVCQSGEREHLPQVIRQYGIASGHIWNQMKMTLPSNFTEDDC

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9448.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TCGACTCATCTGGTACGACCAGATCACCTTG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9617.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CAAGGTGATCTGGTCGTACCAGATGAGTCGA

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.303 Å
晶胞边长 b length_b	99.303 Å
晶胞边长 c length_c	225.826 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.810 Å
R 因子 r_factor	0.2349
R_work r_work	0.2345
R_free r_free	0.2419

fit	/app/data/saxs_computation/y3/8y3z/8y3z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y3/8y3z/8y3z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y3/8y3z/8y3z.dat

VcFadRqm, Genetically engineered mutants of Vibrio cholerae fadR, in Complex with DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)