8y4w

Sialic acid bound form of Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter from Fusobacterium nucleatum.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 93.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y4w
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
结构标题 title	Sialic acid bound form of Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter from Fusobacterium nucleatum.
关键词 keywords	sialic acid transporter, TRAP transporter, MEMBRANE PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN., MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.85 Å
零角强度 I(0) i0	85551700.00
分子量 molecular_weight	83478.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108990 Å³
包络体积 envelope_volume	128070 Å³
水化壳体积 shell_volume	37826 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.59 Å
包络 Rg envelope_rg	27.93 Å
形状 Rg shape_rg	27.86 Å
总 Rg total_rg	28.64 Å
总原子数 total_atoms	5873
残基数 n_residues	732
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.307
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	N-acetylneuraminate transporter small subunit
分子量 formula_weight	74198.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5873

MGGSHHHHHHGSWSHPQFEKASMTGGQQMGRDLYDDDDKDRWGSELEMKVFNKLEEWLGGSLFIGMFVILVMQIFSRQIFNSPLIWSEELSRLIFVYVGLLGVSMGIRSQQHIMIDFLYAKFPKSMQKIIFTIIQILILACLIFFLYFGYDLFIKKEEIEIVSLGISMKWMYLALPLITLLMLVRFYQAYSENYAQNKVYIKPIFILALMIILVLIAFIKPELFKILKLSNYFDLGEMTIYYVLIAWLVMIFFGVPVGWSLLVACILYFALTRWKVVYFAADKLVYSLDSFSLLSVPFFILTGILMNGAGITERIFNFAKAMLGHYTGGMGHVNVAASLIFSGMSGSAIADAGGLGQLEIKAMRDEGYDDDICGGLTAASCIIGPLVPPSISMIIYGVIANQSIAKLFLAGFVPGFLTTIALMIMNYFVCKKRGYKKTAKASPKERWIAFKKSFWALLTPILIIGGIFSGIFTPTEAAVIATFYSIILGGFIYKELTVKSFFKHCVEAVAISGVTVLMIMTVTFFGDIIAREQVAMRVAEIFIKYATSPMMVLVMINLLLLFLGMFIDALALQFLVLPMLIPIAEQVGIDLVFFGVMTTLNMMIGILTPPMGMALFVVAQVGKMSVSTVAKGVLPFLLPIFITLVIITIFPQIILFLPNLIVGG

来源 Source

来源生物 organism	Fusobacterium nucleatum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	851
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	FnTRAP specific nanobody
分子量 formula_weight	14408.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCTTSGFNFDDYAIGWFRQAPGKEREGVSCIHCTAYTPYYARSVRDRFTISSDNATNTVFLQMNNLRPEDTAVYYCVADATRYPYPEFYDYVGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-acetyl-beta-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.16 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	225006

fit	/app/data/saxs_computation/y4/8y4w/8y4w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y4/8y4w/8y4w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y4/8y4w/8y4w.dat

Sialic acid bound form of Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter from Fusobacterium nucleatum.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)