8y5w

human NaS1 intermediate state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 107.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y5w
沉积日期 deposition_date	2024-02-01
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	human NaS1 intermediate state 2
关键词 keywords	membrane sodium anion transproter, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.44 Å
零角强度 I(0) i0	154916000.00
分子量 molecular_weight	113610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148050 Å³
包络体积 envelope_volume	179140 Å³
水化壳体积 shell_volume	46203 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.30 Å
包络 Rg envelope_rg	31.81 Å
形状 Rg shape_rg	31.44 Å
总 Rg total_rg	32.18 Å
总原子数 total_atoms	8015
残基数 n_residues	1023
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8822
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.281
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	29790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.947

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Solute carrier family 13 member 1
分子量 formula_weight	66184.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8015

MKFFSYILVYRRFLFVVFTVLVLLPLPIVLHTKEAECAYTLFVVATFWLTEALPLSVTALLPSLMLPMFGIMPSKKVASAYFKDFHLLLIGVICLATSIEKWNLHKRIALKMVMMVGVNPAWLTLGFMSSTAFLSMWLSNTSTAAMVMPIAEAVVQQIINAEAEVEATQMTYFNGSTNHGLEIDESVNGHEINERKEKTKPVPGYNNDTGKISSKVELEKNSGMRTKYRTKKGHVTRKLTCLCIAYSSTIGGLTTITGTSTNLIFAEYFNTRYPDCRCLNFGSWFTFSFPAALIILLLSWIWLQWLFLGFNFKEMFKCGKTKTVQQKACAEVIKQEYQKLGPIRYQEIVTLVLFIIMALLWFSRDPGFVPGWSALFSEYPGFATDSTVALLIGLLFFLIPAKTLTKTTPTGEIVAFDYSPLITWKEFQSFMPWDIAILVGGGFALADGCEESGLSKWIGNKLSPLGSLPAWLIILISSLMVTSLTEVASNPATITLFLPILSPLAEAIHVNPLYILIPSTLCTSFAFLLPVANPPNAIVFSYGHLKVIDMVKAGLGVNIVGVAVVMLGICTWIVPMFDLYTYPSWAPAMSNETMP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	235582

fit	/app/data/saxs_computation/y5/8y5w/8y5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y5/8y5w/8y5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y5/8y5w/8y5w.dat