8y7g

Crystal structure of the Marinitoga sp. Csx1-Crn2 H495A mutant in complex with cyclic-tetraadenylate (cA4)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 193.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y7g
沉积日期 deposition_date	2024-02-04
结构标题 title	Crystal structure of the Marinitoga sp. Csx1-Crn2 H495A mutant in complex with cyclic-tetraadenylate (cA4)
关键词 keywords	type III CRISPR, self-limiting ribonuclease, ring nuclease, Csx1, Crn2, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.10 Å
零角强度 I(0) i0	212870000.00
分子量 molecular_weight	125920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	160320 Å³
包络体积 envelope_volume	238270 Å³
水化壳体积 shell_volume	43344 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.88 Å
包络 Rg envelope_rg	54.22 Å
形状 Rg shape_rg	54.15 Å
总 Rg total_rg	53.45 Å
总原子数 total_atoms	8875
残基数 n_residues	1085
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	212400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6879
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.713
峰度 Kurtosis kurtosis	0.014
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7582000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.446; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.470; Smooth: 0.132

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein
分子量 formula_weight	66461.4 kDa
突变 mutation	H495A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8875

MKKILIVSFLGKGRYYETFYYSIEHSEKMVKKRLSPLANAILEKENGNDVEIIFFVTNEVKNEFLYDENNEYAKNILNELNEIKNYGIKVSYRDIPKGKNYEELEIIMEEIEKLLLDFKGNKVIFDLTHGLRHMAIFTSSTVFYFKNLMEKANKLEMKIVYGAYEIGEEIEKNLKKVPILDITQTLELSDLTIALEEFERYGITERMIIVLKNIQKIVAKNKLCNLNELKFSSLSRELKLFEELLKIPSPPEKIANSIYKINDILESSIREFKLCSKNSENLFFIKPIQKFLVDFQKIVLEKLPLDKKINKYSNIATLEKVEFMKNIIKLLINWKMYSEAVIHLRELLIDIKLIENGKYFYYNNKDFREKYWMYSYNIVDTKDKELPKKIEELLKNVKGWRNSVAHGGRANTSINQKTLEENLENALSMIDEILLSMKDLKVNSKKIYLLNSTIMPIPKDNQEGKFYILKLTKNEFKVILENAIKDDVLDSAIGAESVIEFIKDKFELTVPLKRKEIYFEKGESALVIKLEKRPEEGKIYTKEEMDFMEENNLIGYYYIYREG

来源 Source

来源生物 organism	Marinitoga sp. 1155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1428448
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1271.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAAA

Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	613.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.496 Å
晶胞边长 b length_b	119.564 Å
晶胞边长 c length_c	196.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	52.790 Å
R 因子 r_factor	0.2168
R_work r_work	0.2124
R_free r_free	0.2804

fit	/app/data/saxs_computation/y7/8y7g/8y7g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y7/8y7g/8y7g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y7/8y7g/8y7g.dat

Crystal structure of the Marinitoga sp. Csx1-Crn2 H495A mutant in complex with cyclic-tetraadenylate (cA4)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)