SAXSdb — 8y7o

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y7o
沉积日期 deposition_date	2024-02-04
结构标题 title	FluPol-NS2 complex (hexamer)
关键词 keywords	PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	87.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	87.03 Å
零角强度 I(0) i0	20907300000.00
分子量 molecular_weight	1227800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1534800 Å³
包络体积 envelope_volume	2804900 Å³
水化壳体积 shell_volume	265340 Å³
包络直径 envelope_diameter	285.4 Å
壳层 Rg shell_rg	89.83 Å
包络 Rg envelope_rg	82.74 Å
形状 Rg shape_rg	87.01 Å
总 Rg total_rg	87.10 Å
总原子数 total_atoms	86104
残基数 n_residues	10711
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	228.4 Å
Rg (实空间) rg_real	85.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9970e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4170e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	89.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21030000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8991
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	126.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.051
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.6530
最高正则化参数 α highest_alpha	1219000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.991; Stabil: 0.945; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.889; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	84625.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,I,L,Q,M
原子数 atom_count	86104

MHHHHHHHHGSGSMEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDLKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDFHFINEQGESIVVELDDPNALLKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTGAEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSENTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMANRGLWDSFRQSERGEETIEERFEITGTMRRLADQSLPPNFSCLENFRAYVDGFEPNGYIEGKLSQMSKEVNAKIEPFLKTTPRPIRLPDGPPCFQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCMRTFFGWKEPYIVKPHEKGINPNYLLSWKQVLAELQDIENEEKIPRTKNMKKTSQLKWALGENMAPEKVDFDNCRDVSDLKQYDSDEPELRSLSSWIQNEFNKACELTDSTWIELDEIGEDVAPIEYIASMRRNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCRTKEGRRKTNLYGFIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRSAIGQMSRPMFLYVRTNGTSKIKMKWGMEMRRCLLQSLQQIESMIEAESSVKEKDMTKEFFENKSETWPIGESPKGVEDGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLVVQALRDNLEPGTFDLEGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	384505
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	86524.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B,H,J,R,N

MDVNPTLLFLKVPAQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHQYSEKGKWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCLETMEVVQQTRVDRLTQGRQTYDWTLNRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVMESMDKEEMEITTHFQRKRRVRDNMTKKMVTQRTIGKKKQRVNKRSYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRAIATPGMQIRGFVYFVETLARSICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSFTITGDNTKWNENQNPRMFLAMITYITKNQPEWFRNVLSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESKSMKLRTQIPAEMLASIDLKYFNESTRKKIEKIRPLLIDGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSILNLGQKRYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVDRFYRTCKLVGINMSKKKSYINRTGTFEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGINESADMSIGVTVIKNNMINNDLGPATAQMALQLFIKDYRYTYRCHRGDTQIQTRRSFELKKLWEQTRSKAGLLVSDGGPNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDEDYQGRLCNPLNPFVSHKEIESVNNAVVMPAHGPAKSMEYDAVATTHSWIPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEKFFPSSSYRRPVGISSMVEAMVSRARIDARIDFESGRIKKEEFAEIMKICSTIEELRRQK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	506350
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Polymerase basic protein 2
分子量 formula_weight	89495.9 kDa
突变 mutation	L691R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,K,O,D,G,P

MERIKELRNLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPSLRMKWMMAMKYPITADKRITEMVPERNEQGQTLWSKMSDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPMTSTVHYPKVYKTYFEKVERLKHGTFGPVHFRNQVKIRRRVDINPGHADLSAKEAQDVIMEVVFPNEVGARILTSESQLTITKEKKEELQDCKISPLMVAYMLERELVRKTRFLPVAGGTSSVYIEVLHLTQGTCWEQMYTPGGEVRNDDVDQSLIIAARNIVRRAAVSADPLASLLEMCHSTQIGGTRMVDILRQNPTEEQAVDICKAAMGLRISSSFSFGGFTFKRTSGSSIKREEELLTGNLQTLKIRVHDGYEEFTMVGKRATAILRKATRRLVQLIVSGRDEQSVAEAIIVAMVFSQEDCMIKAVRGDLNFVNRANQRLNPMHQLLRHFQKDAKVLFQNWGIEHIDNVMGMIGVLPDMTPSTEMSMRGIRVSKMGVDEYSSTERVVVSIDRFLRVRDQRGNVLLSPEEVSETQGTEKLTITYSSSMMWEINGPESVLVNTYQWIIRNWETVKIQWSQNPTMLYNKMEFEPFQSLVPKAIRGQYSGFVRTLFQQMRDVLGTFDTTQIIKLLPFAAAPPKQSRMQFSSLTVNVRGSGMRILVRGNSPAFNYNKTTKRLTILGKDAGTLIEDPDEGTSGVESAVRRGFLILGKEDRRYGPALSINELSNLAKGEKANVLIGQGDVVLVMKRKRDSSILTDSQTATKRIRMAINGWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGRSG

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	384505
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Nuclear export protein
分子量 formula_weight	14355.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,X

MDSNTVSSFQDILLRMSKMQLGSSSEDLNGMITQFESLKLYRDSLGEAVMRMGDLHSLQNRNGKWREQLGQKFEEIRWLIEEVRHRLKTTENSFEQITFMQALQLLFEVEQEIRTFSFQLI

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	506350
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	351243

fit	/app/data/saxs_computation/y7/8y7o/8y7o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y7/8y7o/8y7o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y7/8y7o/8y7o.dat

FluPol-NS2 complex (hexamer)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)