SAXSdb — 8yar

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yar
沉积日期 deposition_date	2024-02-09
结构标题 title	ATAT-2 bound K40R MEC-12/MEC-7 microtubule
关键词 keywords	Microtubules, luminal enzymes, PTMs, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.34 Å
零角强度 I(0) i0	759752000.00
分子量 molecular_weight	220580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	273100 Å³
包络体积 envelope_volume	346440 Å³
水化壳体积 shell_volume	69270 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.8 Å
壳层 Rg shell_rg	47.90 Å
包络 Rg envelope_rg	39.74 Å
形状 Rg shape_rg	40.35 Å
总 Rg total_rg	40.65 Å
总原子数 total_atoms	15482
残基数 n_residues	1960
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	759800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8908
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.209
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.437
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	237300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.905

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-3 chain
分子量 formula_weight	50194.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
突变 mutation	K40R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E
原子数 atom_count	15482

MREVISIHIGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDRSLGGSDDSFSTFFSETGSGRHVPRAVMVDLEPTVIDEIRTGTYRSLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLTLDRIRRLADNCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKAKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCSFMVDNEAIYDICRRNLDIERPSYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATFSPVISAEKAYHEQLSVAEITNMCFEPHNQMVKCDPRHGKYMAVCLLFRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVPRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDLAALEKDYEEVGVDSMEDNGEEGDEY

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Alpha-tubulin N-acetyltransferase 2
分子量 formula_weight	30434.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.108
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MEIAFDLSTIFTDNIQRLTRTDLLKYGPKRYWAVAQSIDCLGEMSSKFHGWKRVITMYDKIVDHDEEQTTYIMWEKVNGSKSILKGLLRVGYKTLYLTDNEQNQYMEKAMCILDFFVVPTEQRSGNGFKMFDEMLKAENVTVDQCAFDKPSAALQQFLEKYYDRKDLVWQSNKYALCSNFFIGRHPTVPFTPRQTKRASRASSAVSSHASSRNTSPIGRNRPRHDSVADLMRQDMLAGVRAEVDPNSPTGLKNARDFGHRRIW

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Tubulin beta-1 chain
分子量 formula_weight	49306.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

MREIVHIQAGQCGNQIGSKFWEVISDEHGIDPSGQYVGDSDLQLERINVYYNEAGSNKYVPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQLFRPDNYVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDNVLDVVRKEAESTDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDSTFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRSNQQYRAITVPELTQQCFDAKNMMAACDPRHGRYLTAAAIFRGRMSMKEVDEQMLNIQNKNSSYFVDWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQEAAADEDAAEAFDGE

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	809.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	31976

fit	/app/data/saxs_computation/ya/8yar/8yar.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ya/8yar/8yar.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ya/8yar/8yar.dat

ATAT-2 bound K40R MEC-12/MEC-7 microtubule

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)