8ydc

Crystal structure of a hammerhead ribozyme with pseudoknot

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ydc
沉积日期 deposition_date	2024-02-20
最后修订 last_revision	2024-08-21
结构标题 title	Crystal structure of a hammerhead ribozyme with pseudoknot
关键词 keywords	catalysis, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.35 Å
零角强度 I(0) i0	27875100.00
分子量 molecular_weight	23478.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21819 Å³
包络体积 envelope_volume	33424 Å³
水化壳体积 shell_volume	14696 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.56 Å
包络 Rg envelope_rg	21.45 Å
形状 Rg shape_rg	21.25 Å
总 Rg total_rg	21.84 Å
总原子数 total_atoms	1549
残基数 n_residues	70
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8120
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.543
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.105
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1349000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.661; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.579; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	ribozyme strand
分子量 formula_weight	18715.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1549

CGAGACAACCAGGAGUCUAUAAAAUUCCCACUGAUGAGACUGGACGAAAGACAUGUAU

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct (code 3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(APCPAPUPGPUPCPU)-D(PC)-R(PUPGPGPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4447.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	B

ACAUGUCUCUGGGA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.578 Å
晶胞边长 b length_b	83.578 Å
晶胞边长 c length_c	258.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	16.250 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1954
R_free r_free	0.2091

fit	/app/data/saxs_computation/yd/8ydc/8ydc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/8ydc/8ydc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/8ydc/8ydc.dat

Crystal structure of a hammerhead ribozyme with pseudoknot

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)