8ydm

Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ydm
沉积日期 deposition_date	2024-02-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
关键词 keywords	PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.01 Å
零角强度 I(0) i0	501385000.00
分子量 molecular_weight	219070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	287680 Å³
包络体积 envelope_volume	369430 Å³
水化壳体积 shell_volume	75910 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.22 Å
包络 Rg envelope_rg	38.33 Å
形状 Rg shape_rg	38.98 Å
总 Rg total_rg	39.66 Å
总原子数 total_atoms	15637
残基数 n_residues	1662
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	501500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8872
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.122
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
分子量 formula_weight	6202.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,H,J,O,Q
原子数 atom_count	15637

MQPRSPVRTNIVIFTILGFVVALLIHFIVLSSPEYNWLSNAEGGALLLSAARALFGI

Entity 2 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
分子量 formula_weight	6327.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,I,K,P,R

MRDDDDLVPPKWRPLFNNQDWLLHDIVVKSFYGFGVIAAIAHLLVYLWKPWLP

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c-554
分子量 formula_weight	45625.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQSSRPSDRQLAIVVSVAVGIVVAVITTATFWWVYDLTLGRAQREAAQTAGARWSPSDGIKVITSSPPVTPTDGRQNWMGTQAWNEGVQAGQAWIQQYPNTVNVQVLIGMSSAQIWTYMQQYVSGALGVGCQYCHNINNFASDEYPQKIAARNMLRLVRDVNAEFIVNLPNWQGNYVQCATCHNNAPNNLEGFGAQFINSVPPIKVTVDPLDANGMAILDPAQKPEAIREPVLLKDAILFYIYNYQVWKPFDPNDPESGRGSLALTYDGGRTQDQVTINQNVMNYQAWSLGVGCTFCHNSRNFVAYELNPAGDNVLNPLYAYNKLKAQRMLLLTTWLAENWPRYGAIAKPEIPTGSGAASRYSYQRLGDGQIYNVPGCYTCHQGNNIPLASINQANIPSGDAGIVVLPPQIRGR

Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	35173.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSRAKAKDPRFPDFSFTVVEGARATRVPGGRTIEEIEPEYKIKGRTTFSAIFRYDPFDFWVGPFYVGFWGFVSVIGIIFGSYFYINETILKGPYSIPQNFFAGRIDPPPPELGLGFAAPGEPGFAWQMTVLFATIAFFGWMMRQVDISMKLDMGYHVPIAFGVAFSAWLVLQVIRPIALGMWHEGFVLGIMPHLDWVSNFGYRYNNFFYNPFHAIGITGLFASTWLLACHGSLILSAAQYRGPEGGDIENVFFRDVQYYSVGESGVHRLGYIFAIGGILSADLCILLSGWPVQDWVSFWNFWNNLPFWSGV

Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34987.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MATINMTPGDLELGRDRGRIGKPIEIPLLENFGFDSQLGPFYLGFWNAVAYITGGIFTFIWLMVMFAQVNYNPVAFAKYFVVLQIDPPSSRYGLSFPPLNEGGWWLIATFFLTVSIFAWYMHIYTRAKALGIKPYLAYGFTGAIALYLVIYIIRPVWMGDWSEAPAHGIKALLDWTNNVSVRYGNFYYNPFHMLSIFFLLGSTLLLAMHAGTIWALEKYAAHEEWNEIQAPGTGTERAQLFWRWCMGFNANAYSIHLWAFWFAWLCGITGALGVFFSMPDFVNNWFQWGIEAGINYPQGPTPPVSLP

Entity 6 polymer

描述 description	hypothetical protein chain N
分子量 formula_weight	6865.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MPSGLGEATQMIGPLTPAILCWASLILTVLGLGLTFLWTNITAYARRTRTGRKPTAGSVIKSQR

Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 8 non-polymer

描述 description	gamma-Carotene
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 10 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	;2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,1 4,18,22,26,30,34,38,42-undecaen-1-yl]naphthalene-1,4-dione ;
分子量 formula_weight	921.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 13 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.05 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36181

fit	/app/data/saxs_computation/yd/8ydm/8ydm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/8ydm/8ydm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/8ydm/8ydm.dat

Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)