SAXSdb — 8yeo

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yeo
沉积日期 deposition_date	2024-02-22
结构标题 title	Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex
关键词 keywords	protein, RNA, RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA, RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.50 Å
零角强度 I(0) i0	1918040000.00
分子量 molecular_weight	346090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	423880 Å³
包络体积 envelope_volume	612850 Å³
水化壳体积 shell_volume	94795 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.0 Å
壳层 Rg shell_rg	60.13 Å
包络 Rg envelope_rg	49.67 Å
形状 Rg shape_rg	51.52 Å
总 Rg total_rg	51.67 Å
总原子数 total_atoms	24197
残基数 n_residues	2799
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.5 Å
Rg (实空间) rg_real	52.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9010e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8410e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1919000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7122
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.3410
最高正则化参数 α highest_alpha	282600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 0.908; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.801

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cas5f
分子量 formula_weight	28703.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	24197

MMKGYILLEKVNIENANAFNNIIVGIPAITSFLGFARALERKLNAKEIAIRINGVGLEFHEYELKGYKNKRGQYVTSCPLPGSIPGQNEKKLDAHIMNQAYIDLNMSFLLEVEGPHVDMSTCKSIKSTMETLRIAGGIIRNYKKIRLIDTLADIPYGYFLTLRQDNLNDAAGDDMLDKMIHALQQEDTLVPIAVGFKALSEVGHVEGQRDPEKDHCFVESIFSLGGFECSKILEDINSCLWRYKTEEGLYLCTII

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cas8f fusion with HNH
分子量 formula_weight	39339.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MLRNKILAAISQKIPEEQKINKYIEGLFQSIDKNHLATHVAKFTETNSPGNIGAYDILSSDMNCGYLDTANAGWKEPDIVTNDAKYKRPQGFVAMEMSDGRTVMEHLQEDSAELRHEMEELTDKYDEIRDGILNMPSMQPYRTNQFIKQVFFPVGGSYHLLSILPSTVLNYEVSDRLYRSKIPKIRLRLLSSNAASTTGSRLVSKNKWPLVFQALPPKFLEKNLAKALDKEYLLPDINIDELEGVDNGCLIDEALLPLIIDEGKRKGEGNYRPRHLRDERKEETVQAFLDKYGYCNIPVGYEVHHIVPLSQGGADSIKNMIMLSIEHHERVTEAHASYFKWRNT

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Cas6f
分子量 formula_weight	20735.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFSQILIIKPGTGISPNIIISEDIFPVLHSLFVEHDKKFGITFPAYSFDKKGHLGNIIEVLSEDKEALASLCLEEHLAEVTDYVKVKKEITFTDDYVLFKRIREENQYETTARRMRKRGHTELGRPLEMHIKKKNQQIFCHAYIKVKSASTGQSYNIFLAPTDIKHGSFSAYGLLRGDTHA

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Cas7f
分子量 formula_weight	38700.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,D,E,F,G,H

MAANKKATNVTLKSRPENLSFARCLNTTEAKFWQTDFLKRHTFKLPLLITDKAVLASKGHEMPPDKLEKEIMDPNPQKSQSCTLSTECDTLRIDFGIKVLPVKESMYSCSDYNYRTAIYQKIDEYIAEDGFLTLAKRYVNNIANARFLWRNRKGAEIIETIVTIEDKEYPSFNSKSFNLDTFVEDNATINEIAQQIADTFAGKREYLNIYVTCFVKIGCAMEVYPSQEMTFDDDDKGKKLFKFEGSAGMHSQKINNALRTIDTWYPDYTTYEFPIPVENYGAARSIGIPFRPDTKSFYKLIDRMILKNEDLPIEDKHYVMAILIRGGMFSKKQEK

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	60-nt crRNA
分子量 formula_weight	19440.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

UUUAGAAGGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCACUGUUAAAAAGUGUACCGCCGGAUAGGCGG

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	TS
分子量 formula_weight	15068.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	T

GCCAAGCTTTTTAACAGTGGCCTTATTAAATGACTTCTCCGCTAATAC

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	NTS
分子量 formula_weight	3541.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	N

GTATTAGCGGA

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	48756

fit	/app/data/saxs_computation/ye/8yeo/8yeo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ye/8yeo/8yeo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ye/8yeo/8yeo.dat

Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)