SAXSdb — 8ygs

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ygs
沉积日期 deposition_date	2024-02-26
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13
关键词 keywords	VIRUS, ROTAVIRUS, VP4; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.11 Å
零角强度 I(0) i0	259176000.00
分子量 molecular_weight	131430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164560 Å³
包络体积 envelope_volume	224910 Å³
水化壳体积 shell_volume	49404 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.9 Å
壳层 Rg shell_rg	43.19 Å
包络 Rg envelope_rg	39.23 Å
形状 Rg shape_rg	39.06 Å
总 Rg total_rg	39.51 Å
总原子数 total_atoms	9291
残基数 n_residues	1187
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.1 Å
Rg (实空间) rg_real	39.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	259200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.264
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.543
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.896

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer capsid protein VP4
分子量 formula_weight	64861.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9291

GYKMASLIYRQLLTNSYTVDLSDEIQEIGSTKSQNVTINPGPFAQTGYAPVNWGPGEINDSTTVEPLLDGPYQPTTFNPPVDYWMLLAPTTPGVIVEGTNNTDRWLATILIEPNVQSENRTYTIFGIQEQLTVSNTSQDQWKFIDVVKTTANGSIGQYGPLLSSPKLYAVMKHNEKLYTYEGQTPNARTAHYSTTNYDSVNMTAFCDFYIIPRSEESKCTEYINNGLPPIQNTRNVVPLSLTARDVIHYRAQANEDIVISKTSLWKEMQYNRDITIRFKFANTIIKSGGLGYKWSEISFKPANYQYTYTRDGEEVTAHTTCSVNGVNDFSFNGGSLPTDFVVSKFEVIKENSYVYIDYWDDSQAFRNVVYVRSLAANLNSVMCTGGSYNFSLPVGQWPVLTGGAVSLHSAGVTLSTQFTDFVSLNSLRFRFRLAVEEPHFKLTRTRLSRLYGLPAANPNNGKEYYEIAGRFSLISLVPSNHDYQTPIANSVTVRQDLERQLGELREEFNALSQEIAMSQLIDLALLPLDMFSMFSGIKSTIDAAKSMATNVMKKFKKSGLANSVSTLTDSLSDAASSISRG

Entity 2 polymer

描述 description	Outer capsid protein VP4
分子量 formula_weight	64891.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GYKMASLIYRQLLTNSYTVDLSDEIQEIGSTKSQNVTINPGPFAQTGYAPVNWGPGEINDSTTVEPLLDGPYQPTTFNPPVDYWMLLAPTTPGVIVEGTNNTDRWLATILIEPNVQSENRTYTIFGIQEQLTVSNTSQDQWKFIDVAKTTANGSIEQYGPLLSSPKLYAVMKHNKKLYTYEGQTPNARTGHYSTTNYDSVNMTAFCDFYIIPRSEESKCTEYINNGLPPIQNTRNVVPLSLTARDVIHYRAQANEDIVISKTSLWKEMQYNRDITIRFKFANTIIKSGGLGYKWSEISFKPANYQYTYTRDGEEVTAHTTCSVNGVNDFSFNGGSLPTDFVVSKFEVIKENSYVYIDYWDDSQAFRNVVYVRSLAANLNSVMCTGGSYNFSLPVGQWPVLTGGAVSLHSAGVTLSTQFTDFVSLNSLRFRFRLAVEEPHFKLTRTRLSRLYGLPAANPNNGKEYYEIAGRFSLISLVPSNHDYQTPIANSVTVRQDLERQLGELREEFNALSQEIAMSQLIDLALLPLDMFSMFSGIKSTIDAAKSMATNVMKKFKKSGLANSVSTLTDSLSDAASSISRG

Entity 3 polymer

描述 description	Antibody 7H13 heavy chain
分子量 formula_weight	12766.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,M

QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLSRYSVHWVRQPPGKGLEWLGMIWNIGSTDYNSALKSRLSISKDNSQSQVFLKLNSLQTDDAAIYYCARNSGFDLFDFWGQGTTLTVS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 4 polymer

描述 description	Antibody 7H13 light chain
分子量 formula_weight	11640.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,N

DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVTSAVAWYQQKPGQSPKLLISSASYRYTGVPDRFSGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSTPPTFGAGTKLELK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.47 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	728771

fit	/app/data/saxs_computation/yg/8ygs/8ygs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yg/8ygs/8ygs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yg/8ygs/8ygs.dat

Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)