8yh1

Crystal structure of Thermus thermophilus UMP kinase complexed with a phosphoryl group acceptor and donor.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yh1
沉积日期 deposition_date	2024-02-27
结构标题 title	Crystal structure of Thermus thermophilus UMP kinase complexed with a phosphoryl group acceptor and donor.
关键词 keywords	Uridine kinase, Allosteric effector, Thermus thermophilus, CYTOSOLIC PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.72 Å
零角强度 I(0) i0	823771000.00
分子量 molecular_weight	232990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	290480 Å³
包络体积 envelope_volume	367930 Å³
水化壳体积 shell_volume	72099 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.18 Å
包络 Rg envelope_rg	41.26 Å
形状 Rg shape_rg	41.73 Å
总 Rg total_rg	41.96 Å
总原子数 total_atoms	16285
残基数 n_residues	2095
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	823900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8976
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.182
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	190600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Uridylate kinase
分子量 formula_weight	25302.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	16733

MKYKRVLLKLSGEFLTRNGFGIEPEATQALAREIKAAYDTGVQLAIVIGAGNLWRGARQGVGMDRATADYIGMLATIMNALALQDALESLGVPTRVQTALTITQVAEPYIRRRALRHLEKERIVIFGGGTGNPFFSTDTAAALRALEVGAEVVLMAKNKVDGVYSDDPRKNPEAVRFDELTYLEVLNRGLQVMDTTAITLCMEAGLPIVVFDIFKPGALVGIIQGEKVGTLIH

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus HB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	324.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	448

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	150.217 Å
晶胞边长 b length_b	232.197 Å
晶胞边长 c length_c	284.841 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	26.320 Å
R 因子 r_factor	0.1808
R_work r_work	0.1805
R_free r_free	0.2032

fit	/app/data/saxs_computation/yh/8yh1/8yh1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yh/8yh1/8yh1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yh/8yh1/8yh1.dat