8yi8

The complex structure of SdnG with product

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yi8
沉积日期 deposition_date	2024-02-29
最后修订 last_revision	2025-10-22
结构标题 title	The complex structure of SdnG with product
关键词 keywords	Diels Alderase, Norbornene, Sordarin, product, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.58 Å
零角强度 I(0) i0	119325000.00
分子量 molecular_weight	57778.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55959 Å³
包络体积 envelope_volume	94716 Å³
水化壳体积 shell_volume	31623 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.90 Å
包络 Rg envelope_rg	24.81 Å
形状 Rg shape_rg	24.53 Å
总 Rg total_rg	25.23 Å
总原子数 total_atoms	4380
残基数 n_residues	547
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	119300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8253
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.111
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.590; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.979

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
分子量 formula_weight	16213.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5148

MAGKEIQTPDQAEAFVAKVFDVLDSYDYTRFGEVLSTDLKYEGGLQKTSGLDNFINDIKASTQRMPGLQTSHSRYRTELTAEGTIYSEGHSNASLESNPGKVVTVPMIGVFKLDSEDGKIKEMRIYKDRLPFLALHQALPGMKANN

来源 Source

来源生物 organism	Sordaria araneosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573841
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	deoxysordaricin
分子量 formula_weight	316.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

来源 Source

来源生物 organism	Sordaria araneosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573841
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(5R)-5-methyl-5-[[(1R,2R,5R)-2-methyl-5-(3-oxidanylideneprop-1-en-2-yl)cyclopentyl]methyl]-2-propan-2-yl-cyclopenta-1,3-diene-1-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	316.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	600

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.870 Å
晶胞边长 b length_b	101.230 Å
晶胞边长 c length_c	121.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.330 Å
最低分辨率 resolution_low	45.300 Å
R 因子 r_factor	0.1842
R_work r_work	0.1829
R_free r_free	0.2095

fit	/app/data/saxs_computation/yi/8yi8/8yi8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yi/8yi8/8yi8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yi/8yi8/8yi8.dat

The complex structure of SdnG with product

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)