8yj7

Characerization of a novel format scFvXVHH single-chain Biparatopic antibody against a metal binding protein, MtsA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yj7
沉积日期 deposition_date	2024-03-01
结构标题 title	Characerization of a novel format scFvXVHH single-chain Biparatopic antibody against a metal binding protein, MtsA
关键词 keywords	Antibody, Metal Transport, METAL TRNASPORT-IMMUNE SYSTEM complex; METAL TRNASPORT/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.95 Å
零角强度 I(0) i0	673538000.00
分子量 molecular_weight	214650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	268900 Å³
包络体积 envelope_volume	372730 Å³
水化壳体积 shell_volume	71886 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.0 Å
壳层 Rg shell_rg	49.11 Å
包络 Rg envelope_rg	41.56 Å
形状 Rg shape_rg	42.93 Å
总 Rg total_rg	43.31 Å
总原子数 total_atoms	15110
残基数 n_residues	1977
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	673700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9050
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.024
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA
分子量 formula_weight	31200.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,A,C
原子数 atom_count	15165

DKLKVVATNSIIADMTKAIAGDKIDLHSIVPIGQDPHEYEPLPEDVEKTSNADVIFYNGINLEDGGQAWFTKLVKNAQKTKNKDYFAVSDGIDVIYLEGASEKGKEDPHAWLNLENGIIYSKNIAKQLIAKDPKNKETYEKNLKAYVAKLEKLDKEAKSKFDAIAENKKLIVTSEGCFKYFSKAYGVPSAYIWEINTEEEGTPDQISSLIEKLKVIKPSALFVESSVDRRPMETVSKDSGIPIYSEIFTDSIAKKGKPGDSYYAMMKWNLDKISEGLAK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	scFv13
分子量 formula_weight	26040.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E,F,H

QSLEESGGRLVTPGTPLTLTCTASGFTISRHHMQWVRQAPGKGLEWIGLIDSSGSTYYANWAKGRFTISRTSTTVDLKMTSLTTEDTATYFCARGGSMDFWGQGTLVTVSSGQPKAPSVGGGGSGGGGSGGGGSAQVLTQTPSPVSAAVGGTVTISCQSSQSVAGNNFLSWYQQKPGQPPTQLIGATSTLASGVPSRFKGSGSGTQFTLTISDLESDDAATYYCAGGYSGNIFAFGGGTELEILRGPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.591 Å
晶胞边长 b length_b	129.272 Å
晶胞边长 c length_c	245.588 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.270 Å
R 因子 r_factor	0.2243
R_work r_work	0.2216
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/yj/8yj7/8yj7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yj/8yj7/8yj7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yj/8yj7/8yj7.dat

Characerization of a novel format scFvXVHH single-chain Biparatopic antibody against a metal binding protein, MtsA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)