8yjm

Structure of human SPT16 MD-CTD and MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer and a single chain H2B-H2A chimera

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yjm
沉积日期 deposition_date	2024-03-02
结构标题 title	Structure of human SPT16 MD-CTD and MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer and a single chain H2B-H2A chimera
关键词 keywords	DNA replication, histone chaperone, FACT, parental histones transfer, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.01 Å
零角强度 I(0) i0	152338000.00
分子量 molecular_weight	97676.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122490 Å³
包络体积 envelope_volume	164010 Å³
水化壳体积 shell_volume	43379 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.58 Å
包络 Rg envelope_rg	30.93 Å
形状 Rg shape_rg	31.00 Å
总 Rg total_rg	31.71 Å
总原子数 total_atoms	6872
残基数 n_residues	854
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.314
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.929

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	FACT complex subunit SPT16
分子量 formula_weight	40250.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6879

GPLGSGIVKQDSLVINLNRSNPKLKDLYIRPNIAQKRMQGSLEAHVNGFRFTSVRGDKVDILYNNIKHALFQPCDGEMIIVLHFHLKNAIMFGKKRHTDVQFYTEVGEITTDLGKHQHMHDRDDLYAEQMEREMRHKLKTAFKNFIEKVEALTKEELEFEVPFRDLGFNGAPYRSTCLLQPTSSALVNATEWPPFVVTLDEVELIHFERVQFHLKNFDMVIVYKDYSKKVTMINAIPVASLDPIKEWLNSCDLKYTEGVQSLNWTKIMKTIVDDPEGFFEQGGWSFLEPEGEGSDAEEGDSESEIEDETFNPSEDDYEEEEEDSDEDYSSEAEESDYSKESLGSEEESGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA replication licensing factor MCM2
分子量 formula_weight	10787.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SLEEEEDGEELIGDGMERDYRAIPELDAYEAEGLALDDEDVEELTASQREAAERAMRQRDREAGRGLGRMRRGLLYDSDEEDEERPARKRRQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	9379.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

MKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2B 1/2/3/4/6,Histone H2A type 1-D
分子量 formula_weight	23536.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSKKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	191.337 Å
晶胞边长 b length_b	191.337 Å
晶胞边长 c length_c	80.094 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	4.150 Å
最低分辨率 resolution_low	165.700 Å
R 因子 r_factor	0.3740
R_work r_work	0.2632
R_free r_free	0.2863

fit	/app/data/saxs_computation/yj/8yjm/8yjm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yj/8yjm/8yjm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yj/8yjm/8yjm.dat

Structure of human SPT16 MD-CTD and MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer and a single chain H2B-H2A chimera

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)