8yku

PaThiL in complex with AMP-PNP and TMP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yku
沉积日期 deposition_date	2024-03-05
最后修订 last_revision	2024-08-07
结构标题 title	PaThiL in complex with AMP-PNP and TMP
关键词 keywords	Complex, PROTEIN BINDING, kinase; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.87 Å
零角强度 I(0) i0	19126500.00
分子量 molecular_weight	32860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41035 Å³
包络体积 envelope_volume	47933 Å³
水化壳体积 shell_volume	20229 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.21 Å
包络 Rg envelope_rg	20.28 Å
形状 Rg shape_rg	19.92 Å
总 Rg total_rg	20.58 Å
总原子数 total_atoms	2286
残基数 n_residues	304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7825
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.337
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.269
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4972000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Thiamine-monophosphate kinase
分子量 formula_weight	35495.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2488

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMGEFELIRRFFAAAACAAPAADVALGIGDDCALLAPPAGEQLAVSTDTLVEGVHFPAGCDPFLLAQRALAVSASDLAAMGAAPLAFTLALTLPQADAEWLQGFARGLDAMARQCGLALVGGDTTRGPLSMTLTVFGRVPAGQALTRAGARPGDLLCVGGPLGEAGAALELVLERRSAPAEVAEPLLARYWTPAPQFGLGLALRGKASAALDISDGLLADCGHIARASGVALLVECQRLQASAALSGLLAGEEALRQQLAAGDDYVLVFTLPPEYLGEIRAAWPAMAVIGRVEAGQGVHLLDADGKELIPAAAGYQHFGTQRD

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	THIAMIN PHOSPHATE
分子量 formula_weight	345.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	118.590 Å
晶胞边长 b length_b	118.590 Å
晶胞边长 c length_c	131.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.170 Å
最低分辨率 resolution_low	51.350 Å
R 因子 r_factor	0.1698
R_work r_work	0.1694
R_free r_free	0.1759

fit	/app/data/saxs_computation/yk/8yku/8yku.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yk/8yku/8yku.pr.out
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