8yl2

Crystal Structure of Homo Tetrameric RagA-like small GTPase from Asgard Lokiarchaeota (LokiRagO) in complex with GTP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yl2
沉积日期 deposition_date	2024-03-05
最后修订 last_revision	2025-09-10
结构标题 title	Crystal Structure of Homo Tetrameric RagA-like small GTPase from Asgard Lokiarchaeota (LokiRagO) in complex with GTP
关键词 keywords	RAGA, Small GTPase, Asgard, homo tetramer, GTP Binding protein, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.21 Å
零角强度 I(0) i0	1011680000.00
分子量 molecular_weight	274150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	346970 Å³
包络体积 envelope_volume	476840 Å³
水化壳体积 shell_volume	81425 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.2 Å
壳层 Rg shell_rg	53.44 Å
包络 Rg envelope_rg	47.20 Å
形状 Rg shape_rg	48.22 Å
总 Rg total_rg	48.37 Å
总原子数 total_atoms	19312
残基数 n_residues	2315
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.4 Å
Rg (实空间) rg_real	48.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0120e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1011000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8557
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.539
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	257900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.722

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	GTP-binding protein
分子量 formula_weight	39914.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	19749

GPLEHKIQSEQDSHDIHGKKKNIKYDLEKTLIIKKTKSREISEKILFTGLDNSGKTSIIKVLQKEISQIAMLKPTRQAQRKIFEFLGNDISEWDLGGQEKYRIAYLKEPTKYFDRSNVCIYVIDIQDRGRMEESISYFSDVIKEFRKLEISPLIYIFFHKFDPTYAKNEGIHLEGLISQLKDEIRNIIEEEFNVSYSNTTIYDLWSIISSFSDLLLKIFPQSELLDKTIQEFAESLDSNCNAILVLDSNSLVIGQFFENEESKQILTKSTPYFLTLNDSLEDDVQGEQSMIIERGNKRFFTDQFRIKRASEPLFLIIMTPKRGEHLLREKIDSFITLLQGII

来源 Source

来源生物 organism	Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2594042
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	373

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	118.756 Å
晶胞边长 b length_b	97.183 Å
晶胞边长 c length_c	145.738 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	27.250 Å
R 因子 r_factor	0.2035
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2295

fit	/app/data/saxs_computation/yl/8yl2/8yl2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yl/8yl2/8yl2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yl/8yl2/8yl2.dat

Crystal Structure of Homo Tetrameric RagA-like small GTPase from Asgard Lokiarchaeota (LokiRagO) in complex with GTP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction