8yqo

Cryo-EM structure of human lanosterol 14alpha-demethylase (CYP51) in complex with FLZ

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 74.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yqo
沉积日期 deposition_date	2024-03-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of human lanosterol 14alpha-demethylase (CYP51) in complex with FLZ
关键词 keywords	;CYP51A1;FLZ;cryo-EM;Parkinson's disease;Alzheimer's disease, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.02 Å
零角强度 I(0) i0	81431800.00
分子量 molecular_weight	48239.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47123 Å³
包络体积 envelope_volume	75015 Å³
水化壳体积 shell_volume	27566 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.78 Å
包络 Rg envelope_rg	22.26 Å
形状 Rg shape_rg	22.02 Å
总 Rg total_rg	22.69 Å
总原子数 total_atoms	3664
残基数 n_residues	445
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8937
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.140
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Lanosterol 14-alpha demethylase
分子量 formula_weight	52470.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.154
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3664

MAKKTSSKGKLPPYIFSPIPFLGHAIAFGKSPIEFLENAYEKYGPVFSFTMVGKTFTYLLGSDAAALLFNSKNEDLNAEDVYSRLTTPVFGKGVAYDVPNPVFLEQKKMLKSGLNIAHFKQHVSIIEKETKEYFESWGESGEKNVFEALSELIILTASHCLHGKEIRSQLNEKVAQLYADLDGGFSHAAWLLPGWLPLPSFRRRDRAHREIKDIFYKAIQKRRQSQEKIDDILQTLLDATYKDGRPLTDDEVAGMLIGLLLAGQHTSSTTSAWMGFFLARDKTLQKKCYLEQKTVCGENLPPLTYDQLKDLNLLDRCIKETLRLRPPIMIMMRMARTPQTVAGYTIPPGHQVCVSPTVNQRLKDSWVERLDFNPDRYLQDNPASGEKFAYVPFGAGRHRCIGENFAYVQIKTIWSTMLRLYEFDLIDGYFPTVNYTTMIHTPENPVIRYKRRSKHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(~{E})-2-(2,5-dimethoxyphenyl)-~{N}-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enamide
分子量 formula_weight	449.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.52 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	287217

fit	/app/data/saxs_computation/yq/8yqo/8yqo.fit
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profile	/app/data/saxs_computation/yq/8yqo/8yqo.dat