SAXSdb — 8yre

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yre
沉积日期 deposition_date	2024-03-21
最后修订 last_revision	2025-04-02
结构标题 title	Crystal structure of Arabidopsis VTC1-KJC2
关键词 keywords	nucleotide sugar, oligomerization, allostery, VTC1, KJC2, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.11 Å
零角强度 I(0) i0	822139000.00
分子量 molecular_weight	244600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	309950 Å³
包络体积 envelope_volume	444070 Å³
水化壳体积 shell_volume	83138 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.2 Å
壳层 Rg shell_rg	51.24 Å
包络 Rg envelope_rg	41.27 Å
形状 Rg shape_rg	43.14 Å
总 Rg total_rg	43.42 Å
总原子数 total_atoms	17195
残基数 n_residues	2230
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.7 Å
Rg (实空间) rg_real	43.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	822500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8629
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.039
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.495
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.459

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	ADP-glucose pyrophosphorylase family protein
分子量 formula_weight	44988.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	17197

MSEEKVVAVIMVGGPTKGTRFRPLSFNTPKPLIPLAGQPMIHHPISACKKISNLAQIFLIGFYEEREFALYVSSISNELKIPVRYLKEDKPHGSAGALYYFRDRIMEEKPSHVFLLNCDVCCSFPLQGILDAHRRYGGIGTMLVIKVSAEAASQFGELIADPDTKELLHYTEKPETFVSDLINCGVYVFTSDIFNAIEEVYSQIRDTSSNYQSATRSVPADFVRLDQDILSPLAGKKQLYTYENKDFWEQIKTPGKSLKCSALYLSQFRETSPHILASGDGTNRKPTIIGDVYIHPSVKLHPTAKIGPNVSISANVRVGPGVRLISCIILDDVEIKENAVVINSIIGWKSSIGRWSRVQASGDYNDRLGITILGEAVTVEDEVAVIGSIVLQNKTLNVSVQDDIIL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
分子量 formula_weight	39625.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MKALILVGGFGTRLRPLTLSFPKPLVDFANKPMILHQIEALKAVGVDEVVLAINYQPEVMLNFLKDFETKLEIKITCSQETEPLGTAGPLALARDKLLDGSGEPFFVLNSDVISEYPLKEMLEFHKSHGGEASIMVTKVDEPSKYGVVVMEESTGRVEKFVEKPKLYVGNKINAGIYLLNPSVLDKIELRPTSIEKETFPKIAAAQGLYAMVLPGFWMDIGQPRDYITGLRLYLDSLRKKSPAKLTSGPHIVGNVLVDETATIGEGCLIGPDVAIGPGCIVESGVRLSRCTVMRGVRIKKHACISSSIIGWHSTVGQWARIENMTILGEDVHVSDEIYSNGGVVLPHKEIKSNILKPEIVM

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	158.268 Å
晶胞边长 b length_b	134.987 Å
晶胞边长 c length_c	168.473 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.540 Å
最低分辨率 resolution_low	149.920 Å
R 因子 r_factor	0.2638
R_work r_work	0.2608
R_free r_free	0.2952

fit	/app/data/saxs_computation/yr/8yre/8yre.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yr/8yre/8yre.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yr/8yre/8yre.dat

Crystal structure of Arabidopsis VTC1-KJC2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)