8ys6

Helicobacter pylori OorDABC in complex with Napabucasin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ys6
沉积日期 deposition_date	2024-03-22
结构标题 title	Helicobacter pylori OorDABC in complex with Napabucasin
关键词 keywords	Oxoglutarate Oxidoreductase, Electron Transport, Tricarboxylic Acid Cycle, Napabucasin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.65 Å
零角强度 I(0) i0	1307590000.00
分子量 molecular_weight	195440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187880 Å³
包络体积 envelope_volume	338390 Å³
水化壳体积 shell_volume	71455 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.60 Å
包络 Rg envelope_rg	38.13 Å
形状 Rg shape_rg	37.64 Å
总 Rg total_rg	37.99 Å
总原子数 total_atoms	14637
残基数 n_residues	1874
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3080e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1308000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8703
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.356
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.190
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	177700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.902

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
分子量 formula_weight	12467.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F
原子数 atom_count	14637

MAKMSTPDGVAVWVNEDRCKGCDICVSVCPAGVLGMGIEKERVLGKVAKVAYPESCIGCVQCELHCPDFAIYVADRKDFKFAKVSKEAQERSEKVKANKYMLLEETILEGRGK

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	2-oxoglutarate synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	41565.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G

MREIISDGNELVAKAAIEVGCRFFGGYPITPSSDIMHAMSVALPKCGGHFIQMEDEISGISVSLGASMSGTKSMTASSGPGISLKVEQIGYSFMAEIPLVIADVMRSGPSTGMPTRVAQGDVNFLKHPIHGDFKAVALAPASLEEAYTETVRAFNLAEMLMTPVFLLMDETVGHMYGKVQIPDLEEVQKMTINRKEFVGDKKDYKPYGVAQDEPAVLNPFFKGYRYHVSGLHHGPIGFPTEDAKIGGDLIDRLFHKIESKQDIINENEEMDLEGAEIVIIAYGSVSLAVKEALKDYHKESKQKVGFFRPKTLWPSPAKRLKEIGDKYEKILVIELNKGQYLEEIERAMQRKVHFFGQANGRTISPKQIIAKLKEL

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta
分子量 formula_weight	30481.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.7.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MAFNYDEYLRVDKIPTLWCWGCGDGVILKSIIRTIDALGWKMDDVCLVSGIGCSGRMSSYVNCNTVHTTHGRAVAYATGIKMANPSKHVIVVSGDGDGFAIGGNHTMHACRRNIDLNFILVNNFIYGLTNSQTSPTTPNGMWTVTAQWGNIDNQFDPCALTTAAGASFVARESVLDPQKLEKVLKEGFSHKGFSFFDVHSNCHINLGRKNKMGEASQMLKWMESRLVSKRQFEAMSPEERVDKFPTGVLRHDTDRKEYCEAYQEIIEKAQGKQ

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
分子量 formula_weight	20253.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I

MEAQLRFTGVGGQGVLLAGEILAEAKIVSGGYGTKTSTYTSQVRGGPTKVDILLDKDEIIFPYAKEGEIDFMLSVAQISYNQFKSDIKQGGIVVIDPNLVTPTKEDEEKYQIYKIPIISIAKDEVGNIITQSVVALAITVELTKCVEENIVLDTMLKKVPAKVADTNKKAFEIGKKHALEALKVRA

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	Napabucasin
分子量 formula_weight	240.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	146076

fit	/app/data/saxs_computation/ys/8ys6/8ys6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ys/8ys6/8ys6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ys/8ys6/8ys6.dat

Helicobacter pylori OorDABC in complex with Napabucasin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)