8ysd

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB in complex with ATP (form 2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ysd
沉积日期 deposition_date	2024-03-22
最后修订 last_revision	2025-01-29
结构标题 title	Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB in complex with ATP (form 2)
关键词 keywords	CD-NTase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.69 Å
零角强度 I(0) i0	28261700.00
分子量 molecular_weight	38695.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47583 Å³
包络体积 envelope_volume	56790 Å³
水化壳体积 shell_volume	22366 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.1 Å
壳层 Rg shell_rg	28.16 Å
包络 Rg envelope_rg	22.22 Å
形状 Rg shape_rg	21.68 Å
总 Rg total_rg	22.50 Å
总原子数 total_atoms	2718
残基数 n_residues	331
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.1 Å
Rg (实空间) rg_real	21.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6841
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.411
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.5070
最高正则化参数 α highest_alpha	4757000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 0.984; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleotidyltransferase
分子量 formula_weight	39349.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3076

MMAPVQKQFREFHDRIKLAQYDENQTLRDERDAVLTAVREGLKKVFADRGEAAPTFTPFNQGSYAMNTGVKPLEGGEYDIDVGIILNIAKDDHDPVEVKKWIRDALKDYGNGAEIRRSCVTVFKPGYHVDLAVYADPELSGGTLCIAKGKENSGDEHRLWQISDPQGFQDRIASKLSGDDAAQFRRCIRYLKRWRDFRFSSDGNAAPLGIGLTAAAYWWFQVSKRTDPVSQNVTYDDRDALEQFVQTMLDNFHDTWDSKDQRSYPRLTVELPVQPYNDVFEKMTGMQMESFKSKLQALLNALKTAKSRLELHDACKALADHFGSEFPVPEKDKSAVHTAPAIVGSGSSG

来源 Source

来源生物 organism	Deinococcus wulumuqiensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	980427
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	358

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.387 Å
晶胞边长 b length_b	46.809 Å
晶胞边长 c length_c	59.976 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	99.96 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	99.54 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.610 Å
最低分辨率 resolution_low	28.080 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1878
R_free r_free	0.2139

fit	/app/data/saxs_computation/ys/8ysd/8ysd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ys/8ysd/8ysd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ys/8ysd/8ysd.dat

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB in complex with ATP (form 2)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction