8ysf

MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb9

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ysf
沉积日期 deposition_date	2024-03-22
结构标题 title	MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb9
关键词 keywords	MERS-CoV nanobody Nb9, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.91 Å
零角强度 I(0) i0	82973300.00
分子量 molecular_weight	71349.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89121 Å³
包络体积 envelope_volume	109760 Å³
水化壳体积 shell_volume	32603 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.07 Å
包络 Rg envelope_rg	29.08 Å
形状 Rg shape_rg	28.91 Å
总 Rg total_rg	29.49 Å
总原子数 total_atoms	5014
残基数 n_residues	647
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	82970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.405
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	23473.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	5014

VECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLEHHH

来源 Source

来源生物 organism	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
通用名 common_name	MERS-CoV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1335626
宿主生物 host_organism	Insecta environmental sample

Entity 2 polymer

描述 description	Nb9
分子量 formula_weight	13026.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

QVQLVESGGGLVQPGGSLRVSCTASKSITGIYLMGWYRQAPGKQRELVALITGDGSNTRYEDSAKGRFTISRDNAKNTVHLQMNNLKPEDTAVYYCYVQIDLNYYWGQGTQVTVSSLE

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.819 Å
晶胞边长 b length_b	85.819 Å
晶胞边长 c length_c	248.833 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	37.340 Å
R 因子 r_factor	0.2347
R_work r_work	0.2327
R_free r_free	0.2700

fit	/app/data/saxs_computation/ys/8ysf/8ysf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ys/8ysf/8ysf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ys/8ysf/8ysf.dat

MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb9

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)