8ysh

MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb14

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ysh
沉积日期 deposition_date	2024-03-23
结构标题 title	MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb14
关键词 keywords	MERS-CoV nanobody Nb14, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.98 Å
零角强度 I(0) i0	23005700.00
分子量 molecular_weight	36253.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45233 Å³
包络体积 envelope_volume	54647 Å³
水化壳体积 shell_volume	21249 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.4 Å
壳层 Rg shell_rg	28.21 Å
包络 Rg envelope_rg	22.28 Å
形状 Rg shape_rg	21.94 Å
总 Rg total_rg	22.89 Å
总原子数 total_atoms	2545
残基数 n_residues	325
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8927
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.236
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.550
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5136000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	23059.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2619

VECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLE

来源 Source

来源生物 organism	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
通用名 common_name	MERS-CoV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1335626
宿主生物 host_organism	Insecta environmental sample

Entity 2 polymer

描述 description	Nb14
分子量 formula_weight	12478.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

DVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCTTSGSIFSQLTIGWARQPPGKQRELLARINPSGRTDYTVSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTGVYYCHLDGSDAKGDWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.488 Å
晶胞边长 b length_b	58.488 Å
晶胞边长 c length_c	351.625 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	38.110 Å
R 因子 r_factor	0.2293
R_work r_work	0.2288
R_free r_free	0.2392

fit	/app/data/saxs_computation/ys/8ysh/8ysh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ys/8ysh/8ysh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ys/8ysh/8ysh.dat

MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb14

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)