8yva

Crystal structure of Caenorhabditis elegans ZIM-2 ZF1-2-CTD domain in complex with Chromosome V pairing center

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yva
沉积日期 deposition_date	2024-03-28
最后修订 last_revision	2024-12-11
结构标题 title	Crystal structure of Caenorhabditis elegans ZIM-2 ZF1-2-CTD domain in complex with Chromosome V pairing center
关键词 keywords	doule stranded DNA binding protein, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.82 Å
零角强度 I(0) i0	39874500.00
分子量 molecular_weight	38665.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43948 Å³
包络体积 envelope_volume	57447 Å³
水化壳体积 shell_volume	20994 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.48 Å
包络 Rg envelope_rg	23.48 Å
形状 Rg shape_rg	23.79 Å
总 Rg total_rg	24.45 Å
总原子数 total_atoms	2642
残基数 n_residues	252
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8851
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.494
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3367000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.979

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	C2H2-type domain-containing protein
分子量 formula_weight	14794.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2940

SHMSFAFPLVQSPNKQKEEMNKVHNIKCHFDNCNRKIHWKIRYGKLRLVDHALSHQEEKSIDCQKCEYSCQTTRQMRYHYKKIHANLKMEGFGILNIPLQNTKFSDVWNKCFGDQLKTIGPVRK

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPGPGPGPCPGPCPTPGPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3685.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

TTGGGCGCTGCT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPCPAPGPCPGPCPCPCPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3641.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

AGCAGCGCCCAA

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	298

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.019 Å
晶胞边长 b length_b	46.351 Å
晶胞边长 c length_c	59.228 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	79.41 °
晶胞夹角 β angle_beta	74.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	72.86 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	32.990 Å
R 因子 r_factor	0.1781
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2205

fit	/app/data/saxs_computation/yv/8yva/8yva.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/8yva/8yva.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/8yva/8yva.dat

Crystal structure of Caenorhabditis elegans ZIM-2 ZF1-2-CTD domain in complex with Chromosome V pairing center

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)