8yvg

canine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 190.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yvg
沉积日期 deposition_date	2024-03-28
结构标题 title	canine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 1
关键词 keywords	Inhibitor, Complex, Immunoproteasome, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.76 Å
零角强度 I(0) i0	6497680000.00
分子量 molecular_weight	681420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	853220 Å³
包络体积 envelope_volume	1236900 Å³
水化壳体积 shell_volume	166700 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.6 Å
壳层 Rg shell_rg	67.48 Å
包络 Rg envelope_rg	57.48 Å
形状 Rg shape_rg	59.74 Å
总 Rg total_rg	59.95 Å
总原子数 total_atoms	47844
残基数 n_residues	6154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	190.9 Å
Rg (实空间) rg_real	59.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3130e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6503000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8462
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	73.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.418
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	925600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.566

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	26436.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,H
原子数 atom_count	47844

MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLMEPSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLALQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQSSLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKDI

Entity 2 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	27911.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,I

MSYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVKKGSTAVGVRGKDIVVLGVEKKSVAKLQDERTVRKICALDDNVCMAFAGLTADARIVINRARVECQSHRLTVEDPVTVEYITRYIASLKQRYTQSNGRRPFGISALIVGFDFDGTPRLYQTDPSGTYHAWKANAIGRGAKSVREFLEKNYTDEAIETDDLTIKLVIKALLEVVQSGGKNIELAVMRRDQPLKILNPEEIEKYVAEIEKEKEENEKKKQKKAS

Entity 3 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	29524.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,Z

MSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYAMEAIGHAGTCLGILANDGVLLAAERRNIHKLLDEVFFSEKIYKLNEDMACSVAGITSDANVLTNELRLIAQRYLLQYQEPIPCEQLVTALCDIKQAYTQFGGKRPFGVSLLYIGWDKHYGFQLYQSDPSGNYGGWKATCIGNNSAAAVSMLKQDYKEGEMTLKSALALAIKVLNKTMDVSKLSAEKVEIATLTRENGKTVIRVLKQKEVEQLIKNHEEEEAKAEREKKEKEQKEKEK

Entity 4 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	25927.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,b

MAERGYSFSLTTFSPSGKLVQIEYALAAVAGGAPSVGIKAANGVVLATEKKQKSILYDERSVHKVEPITKHIGLVYSGMGPDYRVLVHRARKLAQQYYLVYQEPIPTAQLVQRVASVMQEYTQSGGVRPFGVSLLICGWNEGRPYLFQSDPSGAYFAWKATAMGKNYVNGKTFLEKRYNEDLELEDAIHTAILTLKESFEGQMTEDNIEVGICNEAGFRRLTPTEVKDYLAAIA

Entity 5 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	28484.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,J

MSSIGTGYDLSASTFSPDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGVVFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVRPFGCSFMLGSYSVNDGAQLYMIDPSGVSYGYWGCAIGKARQAAKTEIEKLQMKEMTCRDIVKEVAKIIYIVHDEVKDKAFELELSWVGEITKGRHEIVPKDIREEAEKYAKESLKEEDESDDDNM

Entity 6 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	22808.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,V

MEYLIGIQGPDYVLVASDQVAASSIVQMKDDHDKMFKMSEKILLLCVGEAGDTVQFAEYIQKNVQLYKMRNGYELSPTAAANFTRRNLADCLRSRTPYHVNLLLAGYDEHEGPALYYMDYLAALAKAPFAAHGYGAFLTLSILDRYYTPTISRERAVELLRKCLEELQKRFILNLPTFSVRIIDKNGIHDLDNISFPKQGS

Entity 7 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	23002.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,Y

MSIMSYNGGAVMAMKGKNCVAIAADRRFGIQAQMVTTDFQKIFPMGDRLYIGLAGLATDVQTVAQRLKFRLNLYELKEGRQIKPYTLMSMVANLLYEKRFGPYYTEPVIAGLDPKTFKPFICSLDLIGCPMVTDDFVVSGTCSEQMYGMCESLWEPNMDPEHLFETISQAMLNAVDRDAVSGMGVIVHIIEKDKITTRTLKARMD

Entity 8 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-8
分子量 formula_weight	22730.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

TTTLAFKFQHGVIVAVDSRATAGNYISSSRVNKVIEINPSLLGTMSGCAADCQYWERLLAKECRLYYLRNGERISVSAASKLLSNMVYQYRGMDLSMGSMICGWDKKGPGLYYVDQNGTRLSGNMFSTGSGSTYAYGVMDSGYQPSLSPEEAYELGRRAITYATHRDSYSGGIINMYHMKEDGWVKVESTDVNELLHQYQEANQ

Entity 9 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	26431.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,X

MLSTAARGWGPGRDLAMEPDGAAGPQQLRFSPYAFNGGTVLAIAGEDFSIVASDTRLSEGFSIHTRDSPKCYKLTDKTVIGCSGFHGDCLTLTKIIEARLKMYKHSNNKTMTTGAIAAMLSTILYSRRFFPYYVYNIIGGLDEEGKGAVYSFDPVGSYQRDSFKAGGSASAMLQPLLDNQVGFKNMQNVEHVPLSLDRAMRLVKDVFISAAERDVYTGDALRICIVTKEGIREETVPLRKD

Entity 10 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	29523.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,L

MFRNQYDNDVTVWSPQGRIHQIEYAMEAVKQGSATVGLKSKTHAVLVALKRAQSELAAHQKKILHVDNHIGISIAGLTADARLLCNFMRQECLDSRFVFDRPLPVSRLVSLIGSKTQIPTQRYGRRPYGVGLLIAGYDDMGPHIFQTCPSANYFDCRAMSIGARSQSARTYLERHMSGFMECNLNELVKHGLRALRETLPAEQDLTTKNVSIGIVGKDLEFTIYDDDDVSPFLEGLEERPQRKAQPAQPADEPAEKADEPMEH

Entity 11 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	27418.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,R

MSRGSSAGFDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKAINQGGLTSVAVRGKDCAVIVTQKKVPDKLLDSSTVTHLFKITENIGCVMTGMTADSRSQVQRARYEAANWKYKYGYEIPVDMLCKRIADISQVYTQNAEMRPLGCCMILIGIDEEQGPQVYKCDPAGYYCGFKATAAGVKQTESTSFLEKKVKKKFDWTFEQTVETAITCLSTVLSIDFKPSEIEVGVVTVENPKFRILSEAEIDAHLVALAERD

Entity 12 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	21235.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,A

TTIMAVEFDGGVVVGSDSRVSAGEAVVNRAFNKLSPLHQHIYCALSGSAADAQAMADMAAYQLELHGLELEEPPLVLAAANVVRNISYKYREDLSAHLMIAGWDRRDGGQVYGTMGGMLTRQPFAIGGSGSTYIYGYVDAAYKPGMSPEECRSFTTNAIALAMNRDGSSGGVIHLVTITAAGVDYQVILGNELPKFYDE

Entity 13 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	29317.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B

MLKLASEPQRGFSFENCQRNASLERVLPGFRIPRAHKTGTTIAGLVFRDGVILGADTRATNDSVVMDKNCEKIHFIAPKIYCCGAGVAADAEMTTRMAASNMELHSLSTGREPRVTTVTRLLRQTLFRYRGHVGASLLVGGVDFSGPQLYSVHPHGSYSRLPFTALGSGQDAALAVLEDRFQPNMTLEAAQELLVEAITAGILGDLGSGGSVDACVITGTGAKLLRTLSSPTKPTERPSQYYFAPGTTAVQSQTVKPLTLELLEETVQAMEVE

Entity 14 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	29191.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,a

MEAFLESRSRVWAGGPAPGQFYHIPPSSVASVEPAFSPYGGPVTRTQNPMVTGTSVLGVKFEGGVVIAADMLGSYGSLARFRNISRIMRVNDSTMLGASGDYADFQYLKQVLGQMVIDEELLGDGHSYSPRAIHSWLTRAMYSRRSKMNPLWNTMVIGGYADGESFLGYVDMLGVAYEAPSLATGYGAYLAQPLLREVLEKQPVLSQTEARELVERCMRVLYYRDARSYNRFQIATVTEKGVEIEGPLSAETNWEIAHMISGFE

Entity 15 non-polymer

描述 description	[(1R)-1-[(1-cyclohexyl-1,2,3-triazol-4-yl)carbonylamino]-3-methyl-butyl]boronic acid
分子量 formula_weight	308.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	172.640 Å
R 因子 r_factor	0.2988
R_work r_work	0.2988
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	896501

fit	/app/data/saxs_computation/yv/8yvg/8yvg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/8yvg/8yvg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/8yvg/8yvg.dat

canine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)