8yxq

NADPH and 1-benzyl-4-methylpiperidin-3-one complex structure of Imine Reductase wild type from Pochonia chlamydosporia 170

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yxq
沉积日期 deposition_date	2024-04-02
最后修订 last_revision	2025-07-09
结构标题 title	NADPH and 1-benzyl-4-methylpiperidin-3-one complex structure of Imine Reductase wild type from Pochonia chlamydosporia 170
关键词 keywords	NADPH and 1-benzyl-4-methylpiperidin-3-onecomplex structure, Imine reductase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.11 Å
零角强度 I(0) i0	124498000.00
分子量 molecular_weight	58656.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56385 Å³
包络体积 envelope_volume	92761 Å³
水化壳体积 shell_volume	29811 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.64 Å
包络 Rg envelope_rg	27.46 Å
形状 Rg shape_rg	27.09 Å
总 Rg total_rg	27.58 Å
总原子数 total_atoms	4423
残基数 n_residues	578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.8 Å
Rg (实空间) rg_real	27.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	124500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6339
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.588
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.136
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.691; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.127; Positv: 1.000; Valcen: 0.864; Smooth: 0.918

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Oxidoreductase
分子量 formula_weight	30754.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4779

MSSSNKPHVSLIGLGNMGLAIANCLIKSGCKLTVWNRSASKAASLVAQGVTVAATPAECVASSPTIVICLLSYDVTQQTLDEVIDLSGKTIINLTNGTPQQAVKVATLVQQRGAESYIHGAIMVPPILLGQPSSVTLISGPKTAYESQKELLSSIGTTRHVSDDIAKASLLDNALLSIMGGVFEGWVQALAIVGKAGEDEVDFAALASPFVKSMADWLPRIAGHVREKQYVGGSPLTMQLEALENISETSRELGVGVLLGSMREVMSEAVKKGKGGESIAGLVPMLTELDKKW

来源 Source

来源生物 organism	Pochonia chlamydosporia 170
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1380566
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	(4~{R})-4-methyl-1-(phenylmethyl)piperidin-3-one
分子量 formula_weight	203.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	356

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.640 Å
晶胞边长 b length_b	114.800 Å
晶胞边长 c length_c	63.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.530 Å
最低分辨率 resolution_low	42.210 Å
R 因子 r_factor	0.1785
R_work r_work	0.1765
R_free r_free	0.2164

fit	/app/data/saxs_computation/yx/8yxq/8yxq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/8yxq/8yxq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/8yxq/8yxq.dat