8yyk

Structure of RNase J2 wild type at room temperature

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 139.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yyk
沉积日期 deposition_date	2024-04-03
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	Structure of RNase J2 wild type at room temperature
关键词 keywords	Ribonuclease, RNase J2, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.19 Å
零角强度 I(0) i0	489570000.00
分子量 molecular_weight	185420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	233470 Å³
包络体积 envelope_volume	320780 Å³
水化壳体积 shell_volume	63655 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.37 Å
包络 Rg envelope_rg	41.09 Å
形状 Rg shape_rg	42.21 Å
总 Rg total_rg	42.40 Å
总原子数 total_atoms	13038
残基数 n_residues	1748
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	489600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8827
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.398
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	72580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.805

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease J 2
分子量 formula_weight	64379.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13038

MGSSHHHHHHSQDPMSLIKKKNKDIRIIPLGGVGEIAKNMYIVEVDDEMFMLDAGLMFPEDEMLGVDIVIPDIQYVIENKERLKGIFLTHGHEHAIGAVSYVLEQIDAPVYGSKLTIALVKEAMKARNIKKKVRYYTVNHDSIMRFKNVNVSFFNTTHSIPDSLGVCIHTSYGSIVYTGEFKFDQSLHGHYAPDLKRMAEIGDEGVFALISDSTEAEKPGYNTPENIIEHHMYDAFAKVKGRLIVSCYASNFVRIQQVLNIASQLNRKVSFLGRSLESSFNIARKMGYFDIPKDLLIPINEVENYPKNEVIIIATGMQGEPVEALSQMARKKHKIMNIEEGDSIFLAITASANMEVIIADTLNELVRAGAHIIPNNKKIHASSHGCMEELKMMLNIMKPEYFVPVQGEFKMQIAHAKLAAETGVAPEKIFLVEKGDVISYNGKDMILNEKVQSGNILIDGIGVGDVGNIVLRDRHLLAEDGIFIAVVTLDPKNRRIAAGPEIQSRGFVYVRESEELLKEAEEKVRKIVEEGLQEKRIEWSEIKQNMRDQISKLLFESTKRRPMIIPVISEI

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.304 Å
晶胞边长 b length_b	133.380 Å
晶胞边长 c length_c	117.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	58.600 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2049
R_free r_free	0.2477

fit	/app/data/saxs_computation/yy/8yyk/8yyk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yy/8yyk/8yyk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yy/8yyk/8yyk.dat

Structure of RNase J2 wild type at room temperature

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)