SAXSdb — 8yzi

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yzi
沉积日期 deposition_date	2024-04-07
结构标题 title	The structure of PDCoV RBD and dog APN complex
关键词 keywords	PDCoV, PROTEIN BINDING, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.16 Å
零角强度 I(0) i0	804730000.00
分子量 molecular_weight	236820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	296770 Å³
包络体积 envelope_volume	411800 Å³
水化壳体积 shell_volume	74703 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.4 Å
壳层 Rg shell_rg	50.15 Å
包络 Rg envelope_rg	45.63 Å
形状 Rg shape_rg	46.12 Å
总 Rg total_rg	46.47 Å
总原子数 total_atoms	16699
残基数 n_residues	2030
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.2 Å
Rg (实空间) rg_real	46.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	804700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8924
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.266
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.636
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	128200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.929

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein
分子量 formula_weight	14652.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	16699

VTLPKLPELEVVQLNISAHMDFGEARLDSVTINGNTSYCVTKPYFRLETNFMCTGCTMNLRTDTCSFDLSAVNNGMSFSQFCLSTESGACEMKIIVTYVWNYLLRQRLYVTAVEGQTHTGTTSVHATDTSSV

来源 Source

来源生物 organism	Porcine deltacoronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1586324
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Aminopeptidase N
分子量 formula_weight	106801.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

EKNKNAESSPVSSPVSSPVSSPVSPTNPSTTAATTLAQSKPWNHYRLPKTLIPSSYNVTLRPYLTPNSNGLYTFKGSSTVRFTCKESTSMIIIHSKKLNYTNIQGQRVALRGVGGSQAPAIDRTELVEVTEYLVVHLREPLQVNSQYEMDSKFEGELADDLAGFYRSEYTENGVKKVLATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKATFNITLIHPSNLVALSNMLPRGPSVPFTEEPNWNVTEFETTPIMSTYLLAYIVSEFKNVQENTPSNVLIRIWARPSAMDQGHGNYALRVTGPILDFFSRHYDTPYPLNKSDQIALPDFNAGAMENWGLVTYRESALLYDPQSSSIGNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLIVLNEVYRVMAVDALASSHPLSSPASEVNTPAQISEVFDSISYSKGASVLRMLSSFLTEDLFKKGVASYLHTFAYQNTIYLDLWNHLQWALGNQTAINLPYTVNAIMDRWILQMGFPVVTVDTTTGTLSQKHFLLDPQSNVTRPSKFNYLWIIPISSVKSGTQQAHYWMPDNAKVQNDLFKTTGDEWVLLNLNVTGYYLVNYDQNNWKKIHTQLQTDLSVIPVINRAQVIHDTFDLASAQIVPVTLALNSTLFLNQETEYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLRKQVTPLFNHFEKITQNWTDHPQTLTEQYNEINAVSTACTYGVPKCKDLVSTLFAEWRKNPQNNPIYPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWNFVWEQFRNTSLVNEADKLRSALACSTQVWILNRYLSYTLNPEFIRKQDVISTLSSIASNVIGQSLAWDFIQSNWKKLFEDYGTGSFSFSNLIQAVTRRFSTEFELQQLEQFKANNMDTGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEAVLQWFRENSQ

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	383.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.05 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90772

fit	/app/data/saxs_computation/yz/8yzi/8yzi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yz/8yzi/8yzi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yz/8yzi/8yzi.dat

The structure of PDCoV RBD and dog APN complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)