SAXSdb — 8z0l

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z0l
沉积日期 deposition_date	2024-04-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of Cas8-HNH system at partial R-loop state
关键词 keywords	a protein complex, ANTIVIRAL PROTEIN/DNA/RNA, ANTIVIRAL PROTEIN-DNA-RNA complex; ANTIVIRAL PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.00 Å
零角强度 I(0) i0	1707340000.00
分子量 molecular_weight	326410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	399650 Å³
包络体积 envelope_volume	600760 Å³
水化壳体积 shell_volume	93842 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.0 Å
壳层 Rg shell_rg	59.62 Å
包络 Rg envelope_rg	49.20 Å
形状 Rg shape_rg	51.02 Å
总 Rg total_rg	51.18 Å
总原子数 total_atoms	22858
残基数 n_residues	2730
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.4 Å
Rg (实空间) rg_real	51.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7070e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1708000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8258
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.008
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.736
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	265800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	type I-F CRISPR-associated protein Csy3
分子量 formula_weight	37668.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,G,H
原子数 atom_count	22858

TLKSRPENLSFARCLNTTEAKFWQTDFLKRHTFKLPLLITDKAVLASKGHEMPPDKLEKEIMDPNPQKSQSCTLSTECDTLRIDFGIKVLPVKESMYSCSDYNYRTAIYQKIDEYIAEDGFLTLAKRYVNNIANARFLWRNRKGAEIIETIVTIEDKEYPSFNSKSFNLDTFVEDNATINEIAQQIADTFAGKREYLNIYVTCFVKIGCAMEVYPSQEMTFDDDDKGKKLFKFEGSAGMHSQKINNALRTIDTWYPDYTTYEFPIPVENYGAARSIGIPFRPDTKSFYKLIDRMILKNEDLPIEDKHYVMAILIRGGMFSKKQEK

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	hypothetical protein J6N51_11000
分子量 formula_weight	28703.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MMKGYILLEKVNIENANAFNNIIVGIPAITSFLGFARALERKLNAKEIAIRINGVGLEFHEYELKGYKNKRGQYVTSCPLPGSIPGQNEKKLDAHIMNQAYIDLNMSFLLEVEGPHVDMSTCKSIKSTMETLRIAGGIIRNYKKIRLIDTLADIPYGYFLTLRQDNLNDAAGDDMLDKMIHALQQEDTLVPIAVGFKALSEVGHVEGQRDPEKDHCFVESIFSLGGFECSKILEDINSCLWRYKTEEGLYLCTII

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	HNH endonuclease
分子量 formula_weight	39339.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MLRNKILAAISQKIPEEQKINKYIEGLFQSIDKNHLATHVAKFTETNSPGNIGAYDILSSDMNCGYLDTANAGWKEPDIVTNDAKYKRPQGFVAMEMSDGRTVMEHLQEDSAELRHEMEELTDKYDEIRDGILNMPSMQPYRTNQFIKQVFFPVGGSYHLLSILPSTVLNYEVSDRLYRSKIPKIRLRLLSSNAASTTGSRLVSKNKWPLVFQALPPKFLEKNLAKALDKEYLLPDINIDELEGVDNGCLIDEALLPLIIDEGKRKGEGNYRPRHLRDERKEETVQAFLDKYGYCNIPVGYEVHHIVPLSQGGADSIKNMIMLSIEHHERVTEAHASYFKWRNT

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (32-MER)
分子量 formula_weight	9731.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

AGCGCACCTAATTTCCTGACGGCAATCCGCAC

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTPGPCPGPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2178.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GTGCGGA

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	RNA (69-MER)
分子量 formula_weight	22398.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	L

GUUUAGAAGGAUUGCCGUCAGGAAAUUAGGUGCGCUUAGCAGUGUACCGCCGGAUAGGCGGUUUAGAAG

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
分子量 formula_weight	20735.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MFSQILIIKPGTGISPNIIISEDIFPVLHSLFVEHDKKFGITFPAYSFDKKGHLGNIIEVLSEDKEALASLCLEEHLAEVTDYVKVKKEITFTDDYVLFKRIREENQYETTARRMRKRGHTELGRPLEMHIKKKNQQIFCHAYIKVKSASTGQSYNIFLAPTDIKHGSFSAYGLLRGDTHA

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.57 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	140489

fit	/app/data/saxs_computation/z0/8z0l/8z0l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z0/8z0l/8z0l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z0/8z0l/8z0l.dat

Cryo-EM structure of Cas8-HNH system at partial R-loop state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)