SAXSdb — 8z27

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z27
沉积日期 deposition_date	2024-04-12
结构标题 title	The structure of TGEV RBD and dog APN complex
关键词 keywords	TGEV, PROTEIN BINDING, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.53 Å
零角强度 I(0) i0	226185000.00
分子量 molecular_weight	121790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152770 Å³
包络体积 envelope_volume	190360 Å³
水化壳体积 shell_volume	47991 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.75 Å
包络 Rg envelope_rg	33.01 Å
形状 Rg shape_rg	33.50 Å
总 Rg total_rg	34.07 Å
总原子数 total_atoms	8596
残基数 n_residues	1047
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	226200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8947
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.348
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	19363.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a
原子数 atom_count	8596

TANLNNGFYPVSSSEVGLVNKSVVLLPSFYTHTIVNITIDLGMKRSGYGQPIASTLSNITLPMQDNNTDVYCIRSDQFSVYVHSTCKSSLWDNIFKRNCTDVLDATAVIKTGTCPFSFDKLNNYLTFNKFCLSLSPVGANCKFDVAARTRTNEQVVRSLYVIYEEGDNIVGVPSD

来源 Source

来源生物 organism	TGEV virulent Purdue
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	398812
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Aminopeptidase N
分子量 formula_weight	107003.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

EKNKNAESSPVSSPVSSPVSSPVSPTNPSTTAATTLAQSKPWNHYRLPKTLIPSSYNVTLRPYLTPNSNGLYTFKGSSTVRFTCKESTSMIIIHSKKLNYTNIQGQRVALRGVGGSQAPAIDRTELVEVTEYLVVHLREPLQVNSQYEMDSKFEGELADDLAGFYRSEYTENGVKKVLATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKATFNITLIHPSNLVALSNMLPRGPSVPFTEEPNWNVTEFETTPIMSTYLLAYIVSEFKNVQENTPSNVLIRIWARPSAMDQGHGNYALRVTGPILDFFSRHYDTPYPLNKSDQIALPDFNAGAMENWGLVTYRESALLYDPQSSSIGNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLIVLNEVYRVMAVDALASSHPLSSPASEVNTPAQISEVFDSISYSKGASVLRMLSSFLTEDLFKKGVASYLHTFAYQNTIYLDLWNHLQWALGNQTAINLPYTVNAIMDRWILQMGFPVVTVDTTTGTLSQKHFLLDPQSNVTRPSKFNYLWIIPISSVKSGTQQAHYWMPDNAKVQNDLFKTTGDEWVLLNLNVTGYYLVNYDQNNWKKIHTQLQTDLSVIPVINRAQVIHDTFDLASAQIVPVTLALNSTLFLNQETEYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLRKQVTPLFNHFEKITQNWTDHPQTLTEQYNEINAVSTACTYGVPKCKDLVSTLFAEWRKNPQNNPIYPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWNFVWEQFRNTSLVNEADKLRSALACSTQVWILNRYLSYTLNPEFIRKQDVISTLSSIASNVIGQSLAWDFIQSNWKKLFEDYGTGSFSFSNLIQAVTRRFSTEFELQQLEQFKANNMDTGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEAVLQWFRENSQGGS

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	295620

fit	/app/data/saxs_computation/z2/8z27/8z27.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z2/8z27/8z27.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z2/8z27/8z27.dat

The structure of TGEV RBD and dog APN complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)