8z4w

Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z4w
沉积日期 deposition_date	2024-04-17
最后修订 last_revision	2025-02-26
结构标题 title	Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.07 Å
零角强度 I(0) i0	578061000.00
分子量 molecular_weight	130510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126450 Å³
包络体积 envelope_volume	236690 Å³
水化壳体积 shell_volume	54200 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.91 Å
包络 Rg envelope_rg	35.42 Å
形状 Rg shape_rg	35.99 Å
总 Rg total_rg	36.54 Å
总原子数 total_atoms	9835
残基数 n_residues	1252
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	578100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9029
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.903

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Non-structural protein 3
分子量 formula_weight	35802.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9848

MEVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-[4-[[[4-(isoquinolin-5-ylamino)-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]methyl]piperidin-1-yl]ethanone
分子量 formula_weight	406.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.232 Å
晶胞边长 b length_b	75.613 Å
晶胞边长 c length_c	88.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	106.05 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.14 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	33.520 Å
R 因子 r_factor	0.1936
R_work r_work	0.1916
R_free r_free	0.2352

fit	/app/data/saxs_computation/z4/8z4w/8z4w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z4/8z4w/8z4w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z4/8z4w/8z4w.dat

Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction