8z59

The X-Ray crystal structure of multicopper oxidase from Sulfurimonas sp.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 161.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z59
沉积日期 deposition_date	2024-04-18
结构标题 title	The X-Ray crystal structure of multicopper oxidase from Sulfurimonas sp.
关键词 keywords	oxidation, polyphenol, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.68 Å
零角强度 I(0) i0	2287690000.00
分子量 molecular_weight	408120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	513830 Å³
包络体积 envelope_volume	682930 Å³
水化壳体积 shell_volume	110910 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.34 Å
包络 Rg envelope_rg	48.58 Å
形状 Rg shape_rg	49.66 Å
总 Rg total_rg	49.96 Å
总原子数 total_atoms	28659
残基数 n_residues	3563
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.1 Å
Rg (实空间) rg_real	49.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7850e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2288000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8715
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.293
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	164600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.778

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Bilirubin oxidase
分子量 formula_weight	58260.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	29103

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSCEKGSDKSVELDKKSDETQKAAQEPPKNIANNKFEPFTQKLKIPKEIDFEHVAKAKFNAQKSLSALYKEKKTDILTFQGDLPNPTIRIKNGDDFELDFTNSLEKPTIIHWHGLLVPEAMDGHPKDAIATQMLKEYRYKVNQRAGTFWYHTHPHGRTGEEIYYGLAGLYIIEDDNEKALNLPSGEFELPLIIQDRRFDKEGDLIYKETPQDNNGVLGDVVMVNSTVHPYKNVKNTKYRLRILNGSSARTYKLAFEGIEDFMLIGTDGGLLEEPIIVKDILIAVAERIDIIVDFKDKKVGESVTLKTLGFKEANNFVTNPAYPDSGAKMDIMRFKVTELSTQNSQIPKKLSTIAKMKASDASKSRTITMEIIEGGVWTLNKKPYDMHRVDEKVKLGSTEIWEIKNSAHMAHPFHMHGVHFQVLERTSSIDFPTDKGWKDTVLVMPLESVRIIVKFTIPGLFVHHCHILEHEDHSMMANFLVE

来源 Source

来源生物 organism	Sulfurimonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2022749
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	444

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.636 Å
晶胞边长 b length_b	103.389 Å
晶胞边长 c length_c	131.906 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.86 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	98.35 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	39.520 Å
R 因子 r_factor	0.1921
R_work r_work	0.1913
R_free r_free	0.2398

fit	/app/data/saxs_computation/z5/8z59/8z59.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z5/8z59/8z59.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z5/8z59/8z59.dat

The X-Ray crystal structure of multicopper oxidase from Sulfurimonas sp.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction