8z81

Photosynthetic LH2-LH1 complex from the purple bacterium Halorhodospira halophila

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 129.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z81
沉积日期 deposition_date	2024-04-21
最后修订 last_revision	2025-02-19
结构标题 title	Photosynthetic LH2-LH1 complex from the purple bacterium Halorhodospira halophila
关键词 keywords	LH2-LH1 COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.07 Å
零角强度 I(0) i0	1294850000.00
分子量 molecular_weight	412550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	559650 Å³
包络体积 envelope_volume	624380 Å³
水化壳体积 shell_volume	104520 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.0 Å
壳层 Rg shell_rg	56.26 Å
包络 Rg envelope_rg	45.92 Å
形状 Rg shape_rg	46.10 Å
总 Rg total_rg	46.31 Å
总原子数 total_atoms	29349
残基数 n_residues	2529
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.0 Å
Rg (实空间) rg_real	47.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2950e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1295000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8465
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.667
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	197600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Antenna complex, alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	7275.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U,Y,3,7
原子数 atom_count	29349

MWRLWKLYDPRRVLIGIFSWLAVLALVIHFILLSTDRFNWVGGAAVSSVSESAEEVSALPPRQV

Entity 2 polymer

描述 description	Antenna complex, alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	8068.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V,Z,4,8

MADNMSLTGLSDEEAKEFHSIFMQSFLIFTAVAVVAHFLAWAWRPWIPGAEGYGSVIEGVHNVTAAVSQIAPLAG

Entity 3 polymer

描述 description	Antenna complex, alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	7664.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W,1,5,9

MWRMWKILDYRRTVVLAHVGMAVLALLIHFILLSTENFNWLQGNPYGDAESAAEVADAAVMPQQREV

Entity 4 polymer

描述 description	Antenna complex, alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	7893.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X,2,6,0

MADEMRNVSDEEAKEFHAMFSQAFTVYIGVAVVAHILAWAWRPWIPGDEGFGAALIEGANAVTAAVQSIAPIAA

Entity 5 polymer

描述 description	Antenna complex, alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	7658.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,c,e,g,i,k,m,o,q

MNQARIWLVVKPSVGLPLFLGVVLLISLLVHGAILTNTSWYPAFFEGNAAAEIPASEIAESDALATRESMV

Entity 6 polymer

描述 description	Antenna complex, alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	6701.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,d,f,h,j,l,n,p,r

MRDRDDFVDFDDPNRVWPSGLTLPEAEELHSYVLDGARIFFGIAVVAHVLAFAYSPWLG

Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	72

Entity 8 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	45

Entity 9 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 10 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	126108

fit	/app/data/saxs_computation/z8/8z81/8z81.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z8/8z81/8z81.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z8/8z81/8z81.dat

Photosynthetic LH2-LH1 complex from the purple bacterium Halorhodospira halophila

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)