8z8m

Crystal structure of human TNF alpha in complex with TNF30(VHH) domain of ozoralizumab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z8m
沉积日期 deposition_date	2024-04-22
结构标题 title	Crystal structure of human TNF alpha in complex with TNF30(VHH) domain of ozoralizumab
关键词 keywords	TNF, VHH, Ozoralizumab, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.96 Å
零角强度 I(0) i0	429781000.00
分子量 molecular_weight	171160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214690 Å³
包络体积 envelope_volume	283440 Å³
水化壳体积 shell_volume	56643 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.68 Å
包络 Rg envelope_rg	41.45 Å
形状 Rg shape_rg	41.93 Å
总 Rg total_rg	42.31 Å
总原子数 total_atoms	12084
残基数 n_residues	1553
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	429700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8659
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.365
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.277
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.954

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor
分子量 formula_weight	17370.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	12130

VRSSSRTPSDKPVAHVVANPQAEGQLQWLNRRANALLANGVELRDNQLVVPSEGLYLIYSQVLFKGQGCPSTHVLLTHTISRIAVSYQTKVNLLSAIKSPCQRETPEGAEAKPWYEPIYLGGVFQLEKGDRLSAEINRPDYLDFAESGQVYFGIIAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TNF30:VHH
分子量 formula_weight	13724.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYWMYWVRQAPGKGLEWVSEINTNGLITKYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRPEDTAVYYCARSPSGFNRGQGTLVTVSSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.030 Å
晶胞边长 b length_b	121.160 Å
晶胞边长 c length_c	123.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	45.790 Å
R 因子 r_factor	0.2112
R_work r_work	0.2085
R_free r_free	0.2688

fit	/app/data/saxs_computation/z8/8z8m/8z8m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z8/8z8m/8z8m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z8/8z8m/8z8m.dat

Crystal structure of human TNF alpha in complex with TNF30(VHH) domain of ozoralizumab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)