8z92

Crystal structure of CrtAgo/TIR-APAZ in complex with guide DNA and 16-nt target DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z92
沉积日期 deposition_date	2024-04-22
最后修订 last_revision	2025-03-12
结构标题 title	Crystal structure of CrtAgo/TIR-APAZ in complex with guide DNA and 16-nt target DNA
关键词 keywords	NADase, DNA, Complex, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.86 Å
零角强度 I(0) i0	801048000.00
分子量 molecular_weight	228420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	283220 Å³
包络体积 envelope_volume	394870 Å³
水化壳体积 shell_volume	72880 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.1 Å
壳层 Rg shell_rg	50.56 Å
包络 Rg envelope_rg	43.19 Å
形状 Rg shape_rg	43.87 Å
总 Rg total_rg	44.14 Å
总原子数 total_atoms	16050
残基数 n_residues	1852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	801100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8744
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.205
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.696
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	202500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.450

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Piwi domain-containing protein
分子量 formula_weight	58304.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	16050

MKELIYIEEPSILFAHGQKCTDPRDGLALFGPLNQIYGIKSGVVGTQKGLQIFKSYLDKIQKPIYNHNNITRPMFPGFEAVFGCKWESQNIVFKEITDEEIRRYLFNASTHKRTYDLVTLFNDKIITANKNDEERVDVWFVIVPEEIYKYCRPNSVLPNELVQTKSLISKSKAKSFRYTPTLFEEFNKKLKEVEKEAKTYNYDAQFHDQLKARLLEHTIPTQILRESTLAWRDFKNTFGAPIRDFSKIEGHLAWTISTAAYYKAGGKPWKLGDIRPGVCYLGLVYKKIEKSKNPQNACCAAQMFLDNGDGTVFKGEVGPWYNPEKGEYHLKPKEAKALLTQALESYKEQNKSYPKEVFIHARTRFNDEEWNAFNEVTPKNTNLVGVTITKSKPLKLYKTEGAFPIMRGNAYIVDEKKAFLWTLGFVPKLQSTLSMEVPNPIFIEINKGEAEIQQVLKDILALTKLNYNACIYADGEPVTLRFANKIGEILTASTEIKTPPLAFKYYI

来源 Source

来源生物 organism	Thermoflavifilum thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1393122
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	TIR domain-containing protein
分子量 formula_weight	49906.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

MRNKIFISHATPEDDDFTRWLSLKLIGLGYEVWCDILFLDKGVDFWSTIEKEIRENTCKFLIVSSTAGNKREGVLKELAVATKVKKHLQDDMFIIPLAIDENLSYDDINIEIVRLNAIDFKKSWAKGLQDLLDAFEKQNVPKKPPDHSKSNLLYQQIFLHDKQAIEKEETYDSNWFPIISFPNELRFHRYDWRLPKQFDVRTLAFPAIRYKEYLCTFAWEYDFIHQLPKTETYNGQESIRISTSDILSGRYDTDFIRNYECQRLIVQLINKAFELRMKDKNVREYQMSKTFAYWIEKGKLEKDKFEKIKLVGKQKNKYWHFGISAAGKLYPSPVLMVSSHIIFTMDGINLIKSKSIQHSSRRKQGKNWWNDKWREKLLAFIRFLSDDQNAIYLNVGSEEKILISNKPLKFFGKMSYVTPSE

来源 Source

来源生物 organism	Thermoflavifilum thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1393122
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPAPCPCPTPAPCPTPAPCPCPTPCPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4762.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

CAACCTACTACCTCAT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPAPGPGPTPAPGPTPAPGPGPTPTPGPTPAPTPAPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6588.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,I

TGAGGTAGTAGGTTGTATAGT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	201.179 Å
晶胞边长 b length_b	287.266 Å
晶胞边长 c length_c	111.766 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.850 Å
最低分辨率 resolution_low	46.250 Å
R 因子 r_factor	0.2483
R_work r_work	0.2468
R_free r_free	0.2648

fit	/app/data/saxs_computation/z9/8z92/8z92.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/8z92/8z92.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/8z92/8z92.dat

Crystal structure of CrtAgo/TIR-APAZ in complex with guide DNA and 16-nt target DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)