8z95

Humanized anti-PEG h6.3 Fab in complex with PEG

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z95
沉积日期 deposition_date	2024-04-22
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	Humanized anti-PEG h6.3 Fab in complex with PEG
关键词 keywords	Anti-PEG, Fab, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.19 Å
零角强度 I(0) i0	133872000.00
分子量 molecular_weight	93820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117510 Å³
包络体积 envelope_volume	164420 Å³
水化壳体积 shell_volume	36644 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.12 Å
包络 Rg envelope_rg	38.45 Å
形状 Rg shape_rg	39.15 Å
总 Rg total_rg	39.49 Å
总原子数 total_atoms	6610
残基数 n_residues	854
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.5 Å
Rg (实空间) rg_real	39.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8615
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.424
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9937000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.810; Smooth: 0.875

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain of Anti-PEG antibody h6-3 Fab fragment
分子量 formula_weight	23447.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	6790

QVQLVQSGSELKKPGASVKVSCKASGYTFTNYGMNWVRQAPGQGLEWMGWINTYTGQPIYANDFKGRFVFSLDTSVSTAYLQISSLKAEDTAVYYCARDWGPYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of Anti-PEG antibody h6-3 Fab fragment
分子量 formula_weight	24099.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNQMNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCLQYLSSWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKLYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 non-polymer

描述 description	2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL
分子量 formula_weight	1221.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	245.365 Å
晶胞边长 b length_b	43.574 Å
晶胞边长 c length_c	110.148 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.260 Å
最低分辨率 resolution_low	29.810 Å
R 因子 r_factor	0.2121
R_work r_work	0.2094
R_free r_free	0.2615

fit	/app/data/saxs_computation/z9/8z95/8z95.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/8z95/8z95.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/8z95/8z95.dat

Humanized anti-PEG h6.3 Fab in complex with PEG

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)